从定义来讲，商业漫画是指经由商业出版社印刷出版，而在漫画市场上销售贩卖者；同人志则是由同人作家自掏腰包，以影印或小量印刷的方式，在同好间互相流通的作品集。
从内容上来讲，商业漫画由于必须顾及知识财产权，成本回收，以及市场需求等问题，在题材及内容上往往会要求有一定程度的独创性，并需经过编辑的筛选，除了在画工及编剧上要有一定的水准外，还必须符合该杂志的风格走向等等。一部漫画必须经过重重的考验，才有可能被登在商业漫画志上，而在这过程中，漫画家往往得作出相当多的妥协，例如修改剧情，删去漫画家原本想表达的某种意念，或者迎合读者及市场的喜好，增加某些剧情等等，由于受到现实层面的限制，商业漫画家往往无法完全自由地表现自己真正想画的东西。
但是同人志则不同，由于同人作家不需经过出版社出书，也不须考虑到杂志风格或是市场喜好等限制，故可以自由自在地画自己想画的东西。另一方面，虽然一些同人作家在画技及编剧整体上的功力尚不足以成为商业志漫画家，但是在他们的同人志里某些地方的创意或是独特的表现手法，仍然具有相当大的可看性，而某些改编性质的作品也往往是在商业漫画上所无法看到的，因此，从自由度来讲，同人志可以说是拥有比商业漫画更广阔的一片天空，但相对的，由尺销售通路少的结果，同人作家往往是在赔本出书，但是他们对于画画和作品的热情，却能支持他们继续画下去。
