上海中医学院医史博物馆是中国最早的医学史专科博物馆。在上海中医学院内。原为中华医学会医史博物馆，创办于1938年，1959年改属上海中医学院。
该馆总面积344平方米。其中陈列室面积230平方米。馆藏文物10062件，其中珍品有新石器时期的砭石，秦代陶质下水道，汉透雕鎏金铜熏炉、晋代陶质骨灰罐，明代大型陶质葫芦药坛，清代针灸铜人以及各种版本的古代医籍如明版《政和本草》、《本草纲目》和《赤风髓》(气功专书)等。
医史博物馆通过医史文物、资料的展出，扼要地反映中国历代医学发展的主要成就。
医史博物馆出版了《医药史话》、《中文医史论文索引》、《外文中国医史文献索引》、《传统中国医药学》(英文)等书。