种子微生物是寄附在种子上的微生物的通称。其种类繁多，而与贮藏种子关系最密切的主要是真茵中的霉茵，其次是细茵和放线茵。
由于种子微生物的作用往往导致种子变色、变味、发热、生霉以及霉烂，与此同时种子的发芽率总是随着霉茵的增长和种子霉变程度的加深而迅速下降，以致完全丧失。在田间感病的种子，大多数发芽率很低，即使发芽，在苗期或成株期也会再次发生病害。
种子微生物的活动主要受贮藏时水分、温度、空气及种子本身的健全程度和理化性质等因素的影响和制约。此外，种子中的杂质含量、害虫以及器具和环境卫生等对微生物的传播也起到相当重要的作用。因此对种子微生物的控制应从以下几方面着手。
l、提高种子质量
高质量的种子对微生物的抵御能力较强。为提高种子的生活力。应在种子成熟时适时收获，及时脱粒和干燥，并认真做好清选工作，去除杂物、破碎粒、不饱满的籽粒。入库时注意五分开以提高种子贮藏的稳定性。即：新种子与陈种子分开、干种子与湿种子分开、有虫种子和无虫种子分开、不同种类的种子分开、不同纯度、净度的种子分开。
2、干燥防霉
种子含水量和仓内相对湿度低于微生物生长所需求的最低水分时，就能抑制微生物的活动。因此，首先要求种子仓要能够防湿、防潮、防漏，同时具有良好的通风、密闭性；其次种子入库前要充分干燥，使含水量保持在与相对湿度65％相平衡的安全水分界限以下：在种子贮藏过程中，可以采用干燥密闭的贮
藏方法，防止种子吸湿回潮；在气温变化的季节还要控制温差，防止结露。高水分种子入库后要抓紧时机，通风降湿。
3、低温防霉
控制贮藏种子的温度在霉茵生长适宜的温度以下，可以抑制微生物的活动。保持种子温度在l5℃以下，仓库内相对湿度在65％～7O％以下，可以达到防虫、防霉、安全贮藏的目的。这就是所谓的“低温贮藏”的温湿度界限。
控制低温的方法可以利用自然低温法和通冷风降温法。前者是仓外薄摊冷冻，趁冷密闭贮藏。后者是机械制造冷气吹到库内将种子进行冷冻。低温防霉法要特另1注意种子的含水量要低，不能使它在该低温下遭受冻害降低芽率。
4、化学药剂防霉
常用的化学防霉剂是磷化铝，它水解生成的磷化氢除具有良好的杀虫作用外，还具有很好的抑茵防霉效果。可以将灭虫杀茵有效地结合起来，使一次投药双倍见效。
目前国内外还开展植物防霉的研究，我国湖南从山苍子中提取的柠檬醛具有防霉的作用。并对黄曲霉素有去毒的效果。外国有人应用香料、调味剂、草药等进行抑茵防霉的试验，结果发现肉桂、丁香、大茴香对黄曲霉、杂色曲霉和棕曲霉有抑制作用。
5、气调防霉
气调防霉就是通过控制贮藏环境的气体成分进行防霉，可用充氧、充二氧化碳、充氮气等方法达到抑制微生物活动的目的。具体可以在密闭的尼龙薄膜罩内进行。该种方法种子贮藏过程中应用较少。
