这个学会原来是1731年成立于英国爱丁堡，为提高医学知识水平的协会。1739年协会的活动扩大，包括哲学和文学在内，并取名为爱丁堡哲学学会。之后曾中断过几年。1783年正式成立了爱丁堡皇家学会。学会除哲学会员外，还增加了自然科学的会员。1909年，爱丁堡皇家学会开辟了新址，设有讲课室、接待室和藏书16万册的一个图书馆。
学会还颁发一系列奖金和奖章：尼尔奖金每2年颁发一次，奖给前2年中就博物学方面向学会提出卓越论文的一名苏格兰籍博物学家。基思奖金和麦克多格尔—布里斯班奖金也是2年一次，交替颁发给前2年在物理学及生物学方面对科学刊物作出最佳贡献者。冈宁维多利亚60周年纪念奖金，每4年颁发一次 ，奖给在物理学、化学或理论数学、应用数学方面具有创造性见解的科学家 。詹姆斯·斯科特奖金每3年一次，颁发给在自然科学基本理论方面的优秀讲座或论文。布鲁斯奖金是为纪念在南极和北极探险和进行科学考察的布鲁斯博士而设立的，每2年一次，颁发给由于本人去极区考察而在自然科学方面取得显著成就的任何国籍的人员。
