中国科学院东北地理与农业生态研究所是中国科学院设在东北地区的综合性地理学与农学研究机构，坐落于吉林省长春市（同时设有哈尔滨园区），2002年3月由原中国科学院长春地理研究所与黑龙江农业现代化所整合而成。作为中国科学院"东北生态系统管理与现代农业研究发展基地"的重要组成部分，研究所进入了中国科学院知识创新工程试点系列。
原中科院长春地理研究所建于1958年，以中国沼泽湿地研究为特色学科，以东北地区农业、资源、环境和区域发展研究为重点，是综合地学研究的重要基地。原中科院黑龙江农业现代化研究所建于1978年，研究方向是围绕我国农业现代化进程中重大关键性科学技术问题，进行组合配套技术研究和重点攻关，以黑土农田生态学为优势领域，以作物生理生态学、农畜生态学和土壤生态学为主要学科方向。
多年来，两所在湿地科学、区域农业以及环境科学、遥感技术与应用等方面取得了具有显著特色和重要影响的科技成果，为中国湿地科学的建立和发展，东北地区生态环境建设和
农业发展做出了重要贡献。曾先后荣获国家科技进步一等奖1项，国家科技进步二等奖15项，中国科学院和省部级科技进步一、二等奖62项，出版专著140余部，发表论文5000余篇，申报专利90余项。2001年，原长春地理研究所荣获全国"五一劳动奖状"，是中国科学院首家获此殊荣的研究所。
本所现有职工358人，其中科技人员 260人，高级科技人员108人，中级专业技术人员80人。作为中国科学院东北地理学与农学高级人才的重点培养基地，设有环境科学博士后流动站1个，博士点2个，硕士点4个，在学研究生120人。
研究所测试中心现有ICP光谱仪、透射电镜、X射线光谱仪、多道低本底能谱仪、原子吸收光谱仪、高效液相色谱仪、色质谱联用仪等大型仪器。有图书、文献10万册，设有土壤及植物标本陈列室及筹建中的湿地植物标本馆。
该所拥有湿地过程与环境开放实验室以及三江平原沼泽湿地生态试验站、海伦黑土农业生态试验站、净月潭遥感试验站以及大安碱土生态试验站（在建）。中国科学院湿地研究中心、吉林省地理学会均挂靠在该所。
该所主办中国科学引文数据库核心期刊《地理科学》、《Chinese Geographical Science》、《农业系统科学与综合研究》、《湿地科学》等学术刊物。
研究所先后与美国、俄罗斯、澳大利亚、日本、芬兰、瑞典等30多个国家和地区的大学、研究所建立了科技合作关系，多次成功举办国际学术会议。
东北地理与农业生态研究所将继续以湿地科学、区域农业为两大学科特色，湿地与环境、区域农业、地理与遥感三大学科领域为基础，面向东北地区生态环境建设与农业发展战略需求，瞄准湿地科学国际前沿，重点开展湿地环境、黑土生态研究，加强区域农业实用、高新技术集成研究与实验示范，为东北地区国土资源利用、生态环境保护、农业可持续发展提供理论基础、技术支撑和决策依据。
