庞宪生于官宦之家，父亲是锦衣卫副都统。他自幼聪颖过人，是文武双全，曾经参军，後来进入太医院修读「医官」（相等於现代的研究生），是太医院的高材生，主修外伤骨科，因为做过军医，认为医病如打仗，喜欢把三十六计融汇医理当中。
在濒湖庞宪邂逅慕榕，对她一见锺情，决意於太医院毕业後，向慕榕提亲。太医院内，宪初看不起李时珍，经常挑战他，後来终於被李时珍高超的医药技术收服，甘拜李时珍为师。宪拜师後，方知慕榕是时珍之妻，顿感晴天霹雳。
当时珍被严嵩所害，庞宪不惜冒著帮凶的罪名，追随时珍逃离太医院。庞宪一直追随时珍到他完成「本草纲目」，在李时珍逝世後，庞宪亦成为濒湖一带的名医。
