安徽华源医药股份有限公司有着悠久的历史。公司前身为安徽省太和县医药公司，成立于1953年。1991年前，受全县许多个体医药经营户的冲击，曾亏损1000多万元，濒临破产，被称为全国县级医药公司的亏损冠军。1991年以王军为首的领导班子上任后，在团结务实、高效奉献的企业精神推动下，大胆改革，创新机制，企业在整顿规范中快速发展，不断壮大。1992年扭亏；1993年盈利；1995年扩大为一个总公司和5个分公司；1996年兼并县仁济堂制药厂；1997年兼并县木材公司和精细化工厂；1999年改制为安徽省太和县医药股份有限公司，下设5个有限责任公司；2000年新建了彩印厂，兼并了五谷神饮料厂。2002年，经资产重组后，公司更名为安徽仁济医药股份有限公司。公司逐步发展成为太和县的经济支柱，阜阳市的骨干企业，安徽省医药行业的排头兵。不但为国家财政收入作出了突出贡献，而且带动了太和三产的繁荣，二产的发展，盘活了大量闲置资金，解决了大批人员的就业。公司先后被阜阳市政府、市医药局多次评为商贸先进单位、商贸十强企业等；1995年以来，连续8年实现销售、利税总额位居安徽省同行业第一位，连续8年荣获全省医药系统经济效益最佳先进单位；1997年被省政府授予依法纳税先进单位等。2002年，安徽仁济医药股份有限公司完成销售收入32.14亿元,实现利税2265万元,上交税金1747万元,在全国医药100强企业排行榜中,销售收入名列第4位,利税名列第43位。
2003年4月，为了进一步规范经营，夺取规模效益。安徽仁济医药股份有限公司与中国华源集团上海华源药业有限公司进行了强强联合，成立了安徽华源医药股份有限公司。新公司严格按“五统一”规范经营要求，从购进到质管、仓储、销售、财务等各个环节全部实行电脑操作，联网管理。目前，公司联系企业4000多家，经营品种15000多个，销售范围覆盖全国，成为全国颇具影响的医药流通企业。2003年，安徽华源医药股份有限公司完成销售收入52.67亿元，实现利税2964万元，上缴税金2020万元，分别比去年增长64%、35%、16%。同年11月，公司顺利通过gsp认证，省药品监督管理局为公司颁发了gsp认证证书。
2003年9月，公司注册600万元资金，建立了安徽华源医药网站，成立了安徽华源医药电子商务有限公司。网站的建立是安徽华源医药股份有限公司进入新世纪的又一个主攻业务，是公司第二次创业的战略决策，是实现建设成全国最大的医药加工基地和全国最大现代医药物流信息中心的助推器。电子商务有限公司以安徽省华源医药股份有限公司强大的销售网络和覆盖全国的业务关系为依托，将最新的销售情况进行科学分析，提炼出高价值的信息，及时反馈给全国同行参考，便于厂家及时调整生产和医药商家的购销活动，以实现双赢目标，共同为中国民族医药发展做出积极贡献。
