口袋妖怪红宝石攻略选择男/女主角，你的对手将是跟你性别相反的人物。给主角起好名字后就可以进入方元地区啦。
首先，你会出现在天元镇的一辆小货车里。下车后，妈妈让你上楼去调整时钟。调好后下楼，妈妈说博士就在这儿，让你去找他。来到隔壁的房间，上楼后调查一个精灵球，你的对手就会出现。对话后走出房子，往上离开天元镇时，发现博士正被一只皮皮犬追赶，他让你在旁边的背包里选择一只PM参加战斗，赶跑皮皮犬。
NO.001 草蜥蜴 草系
NO.004 小火鸡 火系
NO.006 小水狗 水系
（注：对手会选择在属性上克制你的精灵，幸运的是现在还不会克你的招）
内容简介赶跑皮皮犬后，博士会把你选的这只精灵送给你，并且要你去103号道路找他的孩子，也就是你的对手。穿过101号道路就是道吉镇了，在右边的屋子里有个大婶会送你伤药。道吉镇上方是103号道路，在那里击败对手后，回到天元镇的研究所，博士会送你图鉴，对手也会给你5个精灵球。离开研究所，妈妈还会送你跑步鞋，之后就可以在前进的时候按住B键以2倍的速度跑步前进了。
穿过102号道路来到天元市，先去上方的训练馆。馆主是你的爸爸，对话的时候会出现一个叫道夫的绿头发男孩，帮他抓完感知兽后，爸爸会告诉你，让你收集4枚徽章后再来这里挑战。离开天元市，在104号道路发现一间无人的屋子，先不用理他，继续前进。104号道路的上方是天元森林。在前进的途中会遇到天力公司的一名职员，他被水之团的一名小兵拦截了。击败小兵后会获得一个超级球。走出森林，还是104号道路，在这里的一间屋子里可取得肥波鲸喷壶。继续前进，抵达金水市。
以下是金水市训练馆的资料：
岩石系训练馆
NO.074 小拳石 12级
NO.074 小拳石 12级
NO.299 磁石怪 15级
走出训练馆，会遇到刚才的职员与小兵。上前对话后往右走到116号道路。在最右边有条隧道，洞口有个老头说他的小海鸥被水之团的人抢走了。进去后会看到刚才的小兵和小海鸥，击败他后会得到一个超级球，把小海鸥还给老头后就可以回金水市了。找到刚才的职员，他会带你到天力公司找他的BOSS，BOSS会送你一个导航机，还让你给一个正在山木镇、叫代后的人送信。之后在金水市下方会遇到对手，他会向你挑战。
回到天元森林下面的无人小屋，跟刚才的老头对话，他会送你到山木镇。
以下是山木镇训练馆的资料：
格斗系训练馆
NO.066 腕力 16级
NO.307 阿萨那恩 16级
NO.296 拳击兔 19级
挑战完毕后往西北走，有个山洞，进去后跟里面的矿工对话可得到秘传机05闪光。山洞里需要使用闪光，在深处即可找到代后，把信给他后会得到招式机47钢翼，之后如果回到天力公司找BOSS还会得到学习装置。再去找那个老头，他会送你去卡依市。刚到达卡依市，会发现在水族馆门前有许多水之团的人。在下方的造船厂二楼跟一名老伯对话后，就可以进入水族馆了。在二楼击败两名小兵后即可离开卡依市。
在110号道路会遇到对手，
以下是对手的资料：
小海鸥
无壳蜗牛
草蜥蜴 20级
击败他后可获得探宝仪。继续前进可到达银叶市。在训练馆门前会遇到道夫，跟他对战后才可以进入训练馆。
以下是道夫的资料：
感知兽 16级
以下是银叶市训练馆的资料：
电系训练馆
NO.100 雷电球 20级
NO.309 疾电狗 20级
NO.082 三合一磁怪 22级
在精灵中心右边的屋子里可获得一辆自行车，有快速自行车和跳跃自行车两种，分别有不同的功能，以后可随时来换车。在右下角的屋子里可获得秘传机06碎岩。往左走是117号道路，这里有饲养屋，可放精灵到这里生蛋。继续前进就到西达镇了。
在西达镇的上方有条隧道，把路上的岩石用碎岩劈掉后可获得秘传机04怪力。回到银叶市，往上走来到111号道路，这里有竞速塔，上方是沙漠地带，暂时还不能进去。往左走，在112号道路那里有一条火之捷径，走过去后发现已经穿过了沙漠地带。继续前进，穿过113号道路后来到哈吉镇。
哈吉镇的左边是114号道路，继续前进会到达流星瀑布。在流星瀑布里面会遇到水之团和熔岩团的人，对话后得知他们正在争夺一颗化石。之后回到112号道路，在火之捷径的旁边有缆车，乘坐缆车即可到达凹凸山的山顶。击败熔岩团的首领后可取得化石，之后可会哈吉镇把化石交给之前在流星瀑布里的那名研究员。
以下是熔岩团首领的资料：
恶啸狗 24级
火山骆驼 24级
超音蝠 24级
下山后可来到飞音镇。
以下是飞音镇训练馆的资料：
火系训练馆
NO.218 无壳蜗牛 24级
NO.322 沙漠骆驼 24级
NO.323 火山骆驼 26级
NO.324 火山乌龟 29级
走出训练馆会遇到对手，他会给你一个躲避沙尘暴的道具，以后就可以去沙漠了。（注：在沙漠里可以选择一块化石。）现在已经收集够4枚徽章了，回到天元市，向爸爸发出挑战。
以下是天元市训练馆的资料：
普通系训练馆
NO.289 大猩猩 27级
NO.288 狂暴猴 29级
NO.289 大猩猩 31级
打败爸爸后，去道夫家，道夫的爸爸会送你秘传机03冲浪。在这同时，之前开船的那位老头也会回到家里。去银叶市，在右边使用冲浪来到118号道路，在这里会遇到代后。往上走是119号道路，这里有高草，只能走路前进。在119号道路的最上方，有一间气象台，里面被水之团占领了。击败二楼的Boss后，气象台所长会送你一只天气小子。
以下是熔岩团小头目的资料：
火山骆驼 28级
恶啸狗 28级
出气象台，过桥后会遇到对手，以下是对手的资料：
无壳蜗牛 29级
荷叶童子 29级
草蜥蜴 31级
打倒他后会得到秘传机02飞天。继续前进来到日川市。日川市的训练馆门前不知有什么东西挡住，无法进去，只好继续赶路。
在120号道路的桥上会再次遇到代后，他告诉你那种透明的东西是隐身龙变的，并给你一瓶可令隐身龙显身的喷雾剂，让你击败前面的隐身龙（30级）。回到日川市，对训练馆门前的隐身龙使用喷雾剂即可进去。
以下是日川市训练馆的资料：
飞行系训练馆
NO.333 彩云雀 29级
NO.357 热带雷龙 29级
NO.279 海鸥 30级
NO.227 钢鸟 31级
NO.334 大云雀 33级
继续前进，在121号道路会遇到熔岩团的人，来到阿田市后发现城市已经被水之团占领。在上方的百货大楼门前会看到对手，在这里可与对手进行联盟比赛前的最后一次比赛，
以下是对手的资料：
香蕉叶龙 31级
无壳蜗牛 32级
海鸥 32级
草蜥蜴 34级
打败他后，他就飞回家去了。在阿田市最右边，发现入海口被肥波鲸封锁，从熔岩团的小兵口中得知熔岩团大军压至落日山。在121号道路使用冲浪来到122号水路，水路中间的小岛既是落日山。上山打败熔岩团的人吧。
之后飞到卡依市，在上方的船厂里发现潜水艇被水之团盗走。飞回阿田市，在右上方的水域里可进入熔岩团的秘密基地，在深处发现水之团的首领已坐着潜水艇逃走。另外，在这个基地里还可捡到一个大师球。离开秘密基地，往右穿过124、125号水路，即可来到道谷市。
以下是道谷市训练馆的资料：
超能力训练馆（2 VS 2模式）
NO.337 月神石 42级
NO.338 太阳神石 42级
打败道馆的人后，去道谷市左上角的屋子，代后会送你秘传机08潜水。离开道谷市，在127号水路使用潜水，在水中一直往下走，进入一个洞窟，发现潜水艇就在这里。上岸后击败路上水之团的人，来到深处，遇到水之团首领，还有海皇牙。对话后要与水之团首领对战，
以下是熔岩团首领的资料：
恶啸狗 41级
黑蝙蝠 41级
火山骆驼 43级
回话后古拉怪溜走，首领也离开。离开洞窟，上岸后发现天气大变，还会遇到两个团的首领与代后。
游到126号道路，使用潜水，在中间上浮，即可到达双鹿市。与代后对话，他会让你进入觉醒寺。在觉醒寺深处收付古拉怪之后就可以去打训练馆。
以下寺双鹿市训练馆的资料：
水系训练馆
NO.370 心形鱼 41级
NO.364 古拉海象 43级
NO.340 地震鱼 41级
NO.342 钢钳螃蟹 43级
NO.230 海马龙 46级
在128号水路使用登瀑即可抵达精灵联盟前面的冠军之路，在这里需要使用秘传机03、04、05、06、07才能过去。在冠军之路1层会遇到道夫，
以下是道夫的资料：
大云雀 44级
超能女皇 45级
芭蕾玫瑰 44级
圆耳猫 43级
三合一磁怪 41级
闯过冠军之路后就抵达精灵联盟了。门卫验证你拥有所有徽章后即可为你打开胜利的道路。
以下是四大天王and冠军的资料
天王1－Sidney，邪恶系天王
NO.262 恶啸狗 46级
NO.359 灾兽 49级
NO.342 钢钳螃蟹 48级
NO.275 天木狗 48级
NO.332 塔斯仙人掌 46级
天王2－Pheobe，鬼魂系天王
NO.356 黑乃伊 48级
NO.354失眠鬼 49级
NO.354 失眠鬼 49级
NO.302 地狱超人 50级
NO.356 黑乃伊 51级
天王3－Glacia，冰系天王
NO.364 古拉海象 50级
NO.364 古拉海象 52级
NO.362 巨头冰怪 50级
NO.362 巨头冰怪 52级
NO.365 海象牙王 53级
天王4－Drake，龙系天王
NO.372 龙龙贝 52级
NO.330 蜻蜓龙 53级
NO.230 海马龙 53级
NO.334 大云雀 54级
NO.373 血翼飞龙 55级
联盟冠军－Wallace
NO.321 伊道利 56级
NO.350 真知兽 56级
NO.073 巨鸟 57级
NO.272 狂暴龙 56级
NO.130 古洞兽 55级
NO.340 彩石怪 58级
打败冠军后，你就成为了新一届的联盟冠军，之后Wallace会带你进入冠军殿堂，记录你的精灵。之后就通关了。
通关后，你会回到家里。爸爸会给你一张船票，以后就可以去卡依市或者阿田市坐船了。之后看电视，上面说有不明精灵在芳园地区飞行，看过电视后，在芳园地区的某条道路会随机出现蓝水督，40级。去天柱，2楼需要用快速自行车冲过去（3格加速）。在楼顶有70级的天空之龙。
三神柱事件:
先去134路，和RS里一样，到一块在急流里可以潜水的地方，到洞底，阅读墙上的文字，再使用挖洞（DIG），门会打开。进门，阅读文字，把321号放在第一位，把369号放在最后再读一遍，会发生地震，所有神柱的门会打开。
1.岩（377）：
他的洞在沙漠南边，到了以后，阅读墙上的文字，然后向左走两步，向下走两步，使用碎石（ROCK SMASH）门会开，等级是40
2.冰（378）：
他的洞在105路上，到了那里后，阅读文字，然后等2分钟，门就会开，40级
3.钢（379）：
最后的洞在120路上，找到后，读墙上的文字，走到房间中间，使用飞空术门就会开，40级
另外，还可以用金手指调成梦幻船票，去南岛捉水都，用古老地图去梦幻岛捉梦幻，还有，水底会有极低的几率碰到洛奇亚（如果狂用甜味几率会大大上升）新银叶也有较低的几率碰到钢神柱、闪电鸟、雷公，沙漠有较高的几率碰到30级的古拉顿
