据尼日利亚当地媒体报道，美国五角大楼发言人10月1日对外宣布，非洲司令部已正式在美军驻德国军事基地开始运行。有分析指出，美军的这种安排显示了美军组建非洲司令部遇到了不少的阻力，此前非洲大多数国家都表示不欢迎美军在非洲设立司令部。
据人民网报道，美国欧洲司令部发言人约翰·多里安少校介绍，非洲司令部目前暂时设在美军驻德国斯图加特的军事基地内，司令由美国陆军上将威廉·沃德担任。该司令部目前有120人，到明年底人数将会增加至800人。有五角大楼官员表示，在美军地区司令部的体制下，太平洋司令部、中央司令部和欧洲司令部分别承担了本应由非洲司令部应当承担的责任，非洲司令部将在明年内逐步全面承担起向非洲国家提供人道主义援助及联合训练演习等方面的项目。
一些非洲国家领导人对美国拟在非洲设立军事司令部的必要性提出质疑，因为他们不愿看到自己国家的土地上驻扎有外国军队。然而五角大楼却认为，建立非洲司令部是美国融入非洲大陆的一种有效方法。
目前，美国还没有为非洲司令部选好地址，但是为非洲司令部在非洲大陆上寻找永久性地址的外交努力仍在继续。据悉，利比里亚是唯一公开表示愿意为非洲司令部提供军事基地的国家。
非洲司令部是美国总统布什今年2月批准设立的。但美国《华盛顿邮报》文章日前指出，美国军方为非洲司令部选址的努力如今在北非国家遭到冷遇。美国军方早前就拟建中的美军非洲司令部选址问题，专门派出代表团对一些北非国家进行访问，但从这些国家得到的反馈不是冷淡的反应，就是明确的拒绝。
许多非洲国家认为，非洲问题应当通过非洲联盟（非盟），由非洲人自己来解决，而不应由外国干涉。利比亚同美国全面复交已一年有余，但两国至今尚未互派大使，其原因之一就是利比亚反对美国干涉非洲事务。
一些非洲舆论认为，美国企图通过建立非洲司令部从而实现在军事上、经济上、政治上控制整个非洲大陆。非洲国家正是认识到这一点，才会对美国此举说“不”。