作为一代大教育家的蔡元培还曾经是暗杀团的骨干成员，他一生多次对抗上级，但后来却不吃荤菜，为的不忍杀生。真是一个既矛盾又伟大的人物。
组织暗杀团
很多人难以想象，以教育家闻名于世的蔡元培先生居然曾经是暗杀团的骨干成员。早在《辛丑条约》签订后蔡元培就萌生了反清志向。鉴于孙中山领导的起义一次又一次遭到失败，蔡元培决心改变反清的斗争手段。１９０４年春，由他发起在东京留日学生中成立了秘密暗杀团，图谋从暗杀入手，推进反清革命。
蔡元培认为：暗杀需要自制方便、秘密、快速而且容易伪装隐蔽的武器，他决心自制化学毒药。要自制化学毒药就需要有懂化学的人，他马上将爱国女校的化学教员钟宪畅、俞子夷吸收入团。俞子夷配制出酸，蔡元培叫工友弄来一只猫，强令服了几滴，猫即中毒而死。后来蔡元培又认为液体毒药使用还不太方便，易被人发觉，如能改成固体粉末更好，于是急去书店买了一批药物学、生药学和法医学书籍，亲自领导研究。不久，蔡元培觉得还是用炸药更好一些，随即转向研究炸药。他带领研制小组日夜攻关，终于自制出了一种体积小、威力大的炸药。另外，蔡元培认为女子去实行暗杀比男子更隐蔽些，因而他在爱国女校特别注重化学课的讲授，以便培养暗杀种子。此后，由蔡元培研制的炸药，不断由暗杀团团员带回国内，清廷上层官员频频遭到暗算。
不当不自由的校长
蔡元培一生辞职无数次，其中仅在北大校长任上就先后多次辞职。他1917年1月4日到北大就职，在北大发表热情洋溢的就职演说的余热未散，7月3日就向黎元洪总统提出辞职，抗议张勋复辟。1918年5月22日，为抗议"中日防敌军事协定"，又向大总统提出辞呈。1919年五四运动爆发后，为抗议逮捕学生，于5月8日提交了辞呈，9日悄然离京，这次辞职引发广大师生挽蔡大行动，北京各大专学校校长于5月13日齐上辞呈。而1923年1月17日，蔡元培再度愤而辞职，次日他在《晨报》刊发的辞去北大校长职务声明："元培为保持人格起见，不能与主张干涉司法独立、蹂躏人权之教育当局再生关系，业已呈请总统辞去国立北京大学校长之职，自本日起，不再到校办事，特此声明。"
蔡元培的几次辞职，诞生了两篇杰出的宣言：《关于不合作宣言》和《不愿再任北京大学校长的言》，前者为了正义，后者为了自由。1919年6月15日发布的《不愿再任北京大学校长的宣言》中他说："我绝对不能再作不自由的大学校长：思想自由，是世界大学的通例。德意志帝政时代，是世界著名专制的国家，他的大学何等自由。那美、法等国，更不必说了。北京大学，向来受旧思想的拘束，是很不自由的。我进去了，想稍稍开点风气，请了几个比较的有点新思想的人，提倡点新的学理，发布点新的印刷品，用世界的新思想来比较，用我的理想来批评，还算是半新的。在新的一方面偶有点儿沾沾自喜的，我还觉得好笑。那知道旧的一方面，看了这点半新的，就算‘洪水猛兽'一样了。又不能用正当的辩论法来辩论，鬼鬼祟祟，想借着强权来干涉。于是教育部来干涉了，国务院来干涉了，甚而什么参议院也来干涉了，世界有这种不自由的大学么？还要我去充这种大学的校长么？"
戒杀之争
蔡元培赴德国莱比锡游学时，听朋友李石曾谈到食肉的害处，正好他又看过俄国大文豪列夫 托尔斯泰著作中关于打猎的惨状描写，蔡元培于是宣布不再食肉，还劝告朋友寿孝天说："蔬食有三义：一卫生，二戒杀，三节用。"并表明自己蔬食专是因为戒杀。寿孝天回信引用杜亚泉的话说："植物未尝无生命，戒杀义不能成立。"
对此，蔡元培说："戒杀者，非伦理学问题，而感情问题。"他解释说，蔬食者不是绝对不杀动物，一叶一水中也有不知道多少动物，但因为常人无法看见，所以感情也未能顾及。而对于能够看见的动物，感情则可以顾及，所以要戒杀。
拒绝坐轿
蔡元培一生对坐轿最为反感，他认为用人抬人是不人道的，而且两人甚至三四人为一个人代步也不经济。人力车夫一个人拉一个人，经济倒是经济，但眼睁睁看到人家佝偻喘气出汗，实在大为不忍。所以他有船则坐船，有公车则坐公车。他认为脚踏车和摩托车最为文明，不得已时坐马车。实在没有办法要坐人力车时，他首先问好价钱，一到即付钱，决不讲价钱。
其责也严
很多北大的教师、学生对于蔡元培的印象都是从不随便夸奖人，也不严厉责备人。但据其学生、后来还做过北大代理校长的傅斯年回忆，蔡先生有时候责人也是十分严格的。 当时傅斯年的班上有一个同学因为长成一副官僚面孔，做事也很不讨人喜欢，于是有人贴出"讨伐"告示，对该同学加以讽刺挖苦，结果引来更多的匿名帖子，一起攻击该同学。当时，大家都很得意，以为痛快淋漓。没想到蔡元培在一次大会上严词批评，指出大家对同学的不满可以进行规劝，才是同学之谊，如果不可规劝也该对校方反映。现在用揭帖的方式，受之者即使有过错也决不会改悔了，对揭帖的人自己，则已是丧失品性的开端。这次训话后，北大的匿名壁报基本上绝迹了。
还有一次，北伐取得胜利，很多学生在蔡元培先生家里吃饭，大家兴高采烈，喝了不少酒，蔡先生自己也喝多了。傅斯年借着酒劲说起狂话来了，他说以后我们国家强大了不但要消灭日本小鬼，就是西洋鬼子也要赶出苏伊士运河以西，天下统统"郡县之"，没想到蔡元培先生怫然变色，声色俱厉地说："这除非你作大将！"即便是酒后，蔡元培也绝对不能允许学生有己所不欲施于他人的狂妄之语。傅斯年先生此后每想起就感到羞愧不已。
