猫眼睛颜色的出现差异的原因是因为不同品种的猫，或同一品种中不同个体的猫对色素的摄取和储存的能力不一样，不同的色素沉积于各种猫的眼底视网膜上，使它们的视网膜上的颜色各异，我们所看到的猫眼颜色，其实就是透过透明的角膜直接看到猫眼底视网膜上的这些颜色。在不同品种，或不同个体的猫体内，色素在视网膜的沉积与色素在皮肤毛囊内的沉积有一定的相关性。因此猫眼睛的颜色与猫被毛的颜色之间有一定的关联。
比如说花猫绝对是没有蓝眼睛的，黑猫的眼睛以绿色居多，而长毛的白猫则以蓝色为多，间或有些颜色不一的鸳鸯眼。猫眼的颜色对于猫本身的实际作用我们无从而知，但人们在评定猫眼睛的颜色时，一般都是以猫眼的越清澈透明，颜色越纯、越深、越有宝石的感觉的为好。
另外，猫眼睛的颜色还是鉴定纯种猫的重要依据之一。有些纯种猫的眼睛颜色是固定的一种颜色，比如纯种的暹罗猫、喜马拉雅猫的眼睛必定是蓝色的。如果整只猫外型虽然和某纯种猫一样，但眼睛的颜色不符合该纯种猫的眼色，就说明该猫已混有其他品种的血统了。