树桩在盆中生长1年至2年后，根系会盘满盆内，使盆土板结，难以透气沥水，土壤里的养料也被植物吸取得差不多了，再则，由于树桩长大，根系发展，原盆已不适合树桩继续生长培育的要求，须换土、换盆。
换土的时间一般而言，换土应在树桩休眠期间进行。不耐寒和常绿树种，例如棕竹、水蜡、九里香、苏铁等，宜在春季进行；观花树种，例如碧桃、梅花、贴梗海棠等，以花落后进行为宜，落叶树种，例如柽柳、榔榆、鸡爪槭、凌霄等，以冬、秋、春季节最好。另外，一些怕水渍的树种，在梅雨季节因雨水过多而导致烂根时，也须翻盆换土。
盆土配制多数树桩植物都喜欢微酸性的沙质壤土。可到郊野铲取山坡边沿的颗粒状黑土或针叶林下的表层腐叶土，掺拌40％沙土，再加入少量骨粉（用猪、鸡、鱼的骨头充分腐烂后锤碎即可）。把塘泥挖出，晒干锤碎，再掺和沙质壤土，腐叶土也行。
换土方法换土前一两天应停止浇水，使盆土干燥。把树桩连同土球一块挖出，除去大部分根上旧土，剪除老根、腐根、枯根，剪短粗长根（为以后能栽入正式的盆景盆内打好基础）。盆内的排水孔处一定要用小瓦片拱形朝上垫好，这个细节很重要，以利排水，防止植物烂根。把新土铲入盆内，应掌握盆底的颗粒土最粗，盆中层是细土，盆上层土较细的原则。把树桩栽回盆内后，轻轻向上提一提，让根须舒展，不要用力按压表土，轻微按实即可，再浇淋一遍透水。
换盆上盆选择大一号的盆换盆即可，但也须注意换盆不可过大，否则盆土不易见干见湿，树桩容易烂根。另外，对于已定型的树桩盆景，只须换土，不必换盆。
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