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前往五丈原大营的路上，又遇到了之前在成都要抢司徒蔷为压寨夫人的强盗头子。作为前锋的司徒蔷自然不会答应，击败他之后，众人来到了飞羽大营。其后，飞羽有一段时日没有接获任务。一夜，焉逢前往各人的营帐探视，却发现半数以上的队员都不在自己的营帐之中。他却怎么也没料到，横艾正与耶亚希在后山上，正在分享追求男人的心得。而更让他没有料到的是，在祝犁的帐篷里，尚章无意撞见了正在更衣的司徒蔷——原来司徒蔷竟是女儿身。好容易安定下来之后，徒维告诉焉逢广目使召见，原来飞羽终于又被指派了新的任务——前往魏军北营扰敌。
众人出发至北原没多久，就遇上了曾经交手过的黄衣尊者。黄衣尊者使用幻术将众人拉进了法阵，在那里每个人都需要经历三次心中最痛苦的回忆。焉逢想到了自己的弟弟，想到了自己的姐姐……就在他心神涣散时，黄衣尊者的幻兽梦鵩前来偷袭。幸好众人及时赶到，一同击退了魔兽。最终众人忍住了悲痛，一举杀死了意图化身为持国使的黄衣尊者。之后，众人返回大营，等待下一回的任务。
很快，飞羽接到了又一个任务，护送汉使前往魏营，向司马懿挑衅。谁知道司马懿受了诸葛亮的羞辱并不动怒，相反的还怒斥了阻拦汉使离开的牛金，并着令让汉使与焉逢等人安全离去。既然司马懿不中激将法，飞羽决定前往北原刺杀司马懿。到了北原顶，原本以为必死无疑的司马懿忽然来了救星，曹睿安排保护司马懿安全的乌衣尊者救下了他。虽然众人重创了乌衣，但司马懿还是脱逃了，飞羽无功而返。
孙权兵败，曹睿正当自喜。忽然收到乌衣的告急讯息，请求增援；而飞羽此时，又安排下了另一次除去司马懿的计划。由商横施法变出白鹿，引诱好猎的司马懿父子前往葫芦谷。司马懿果然中计，被祝犁事先安排下的火攻团团围住。正当司马懿绝望之际，忽然天降大雨，原来是曹睿带着赤衣、青衣前来救援。飞之部众人已然被击倒，在混乱之际，曹睿被焉逢的剑气重伤，赤衣虽不甘，但顾及曹睿伤势只得恨恨而去。而司马懿又再一次躲过了一场必死的劫难。
此后一段时日，汉军又一次陷入断粮的危机，而国中已然民心流失，形势危亦。飞羽帅营中，飞羽十杰接到了一个最不可能被下达的任务——刺杀诸葛亮。此任务正是由复活不久的持国使决定，为的是让大汉休养生息，不再为兵赋所苦。众人反应激烈，尤其是强梧，他受过诸葛恩惠，这样的任务他是断然拒绝的。最终，焉逢见到了复活的持国使，当他知晓持国使便是他的师父以及持国使真正的身份和用心之后，决定执行这项极为特殊的任务。
观星台就在飞羽大营边，一路闯关，击败了马忠与廖化后，众人来到诸葛亮身前。谁没有料到诸葛亮身边还有一道最强的防线——白衣尊者。这个变故谁也没预料到，魏国的铜雀尊者竟然会来保护汉国的丞相？众人不敌白衣之力，趁着诸葛亮为众人向白衣求情之际，横艾带着众人逃脱。然而此后变故一场接着一场，回到大营的焉逢等人获悉，强梧与飞之部的游兆、商横以及昭阳意欲再一次伏击司马懿。当众人赶到北原顶时，商横已经断气，昭阳重伤，而游兆与强梧下落不明。
回到飞羽大营后不久，铜雀尊者送来威胁信，告知游兆与强梧已落于他们的手中，要焉逢等人前往绝命岩赴会。众人都觉得这是一个圈套，可焉逢难舍朋友情义，只身赴约。耶亚希本打算跟随，可被焉逢阻止。到了绝命岩，只见游兆的尸首横陈，焉逢痛心疾首，以为挚友强梧也已凶多吉少。可就在这时，伏兵射下箭来偷袭：原来这一切都是强梧安排下来的陷阱，目的就是为了除去意图谋害丞相的逆贼。
就在此刻，耶亚希忽然出现，挡在了本以为再难逃命的焉逢面前。她化臂为翼，背着身受重伤的焉逢飞出绝命岩。没想到强梧也以剑气之臂化作飞箭射向他们。焉逢发怒，以剑气之威警告强梧。最终，焉逢也答应了耶亚希，会娶她作为自己的妻子：“好讨厌哦，眼泪怎么一直停不下来……（莔）”
经过几日的调养，焉逢恢复了健康。可昭阳因为伤势过重而亡，端蒙极是伤心。众人达成昭阳的遗愿，将他的死讯和骨灰带回箕谷小村，告知他的祖父母。老人们得知孙儿的死讯，难过得跟什么似的，然而人死不能复生，飞羽依旧还要执行应尽的任务。回到了飞羽大营，焉逢觉得，行刺诸葛亮一事，是否真能改变大汉的命运。他本想再次与持国使相谈，可持国使因为宿疾发作，又昏睡过去。正当焉逢踌躇之际，端蒙来到焉逢的营帐内，一心想要为马谡报仇的她，想以自己作为焉逢刺杀诸葛亮的交换条件。可焉逢义正词严的拒绝了端蒙的请求，端蒙黯然离去。
第二日，端蒙失去了踪迹，飞羽上下遍寻不着。众人认为，端蒙很有可能是独身去观星台上刺杀诸葛亮，而横艾的符鸟探查也确认了这个推论的正确，于是众人一致认为要去搭救端蒙。观星台上，端蒙已经和诸葛亮以及随身一旁的白衣照了面，众人还是晚来了一步，端蒙终是死在白衣的剑气之下。焉逢盛怒，发出剑气，而白衣也以剑气相抗。两者的剑气相互冲撞，最终余气波及诸葛亮，诸葛亮重伤。白衣正要痛下杀手之际，强梧赶到，他让白衣带着诸葛亮离开，自己对付飞羽。
激战（专区、新闻、图库、俱乐部）之后，强梧战败。万念俱灰的强梧，选择了自尽向大汉尽忠。众人哀痛，一时之间失去了两位昔日的好友。之后不久传来消息，诸葛亮如同往常一样在营帐内处理军务政要、一切如常，众人俱感到万分惊讶。而这时持国使已醒，焉逢再次与这位昔日的恩师谈于后山。言谈间持国使不无感慨他与诸葛亮昔日相交相知的情谊，原来，他便是名将赵云。赵云一番大义与苍生的论谈，让焉逢下了再次刺杀诸葛亮的决心。而此刻在魏营，曹睿始终受不住焉逢剑气的一击，伤重而亡了。
第三次进入观星台，汉军的把守更加密集。一路击败了张翼与马岱，又在台前打败了姜维。最后要面对的，就是以一敌万的白衣尊者了。白衣早有准备，以剑气为壁护住了诸葛亮。一场比拼之后，焉逢与白衣都以剑气相搏。为了不伤及他人，两人前去白衣之前以盘古斧所辟之空间裂缝中作最后的决斗。
一个时辰后，只见一白发男子出现在七星坛上。众人先是一惊，后又一喜，原来最终胜利的是焉逢。原来，白衣尊者就是焉逢的弟弟。两人自小失散之后，哥哥朝云被汉军收留，而弟弟暮云便被徐庶收为三子。而他们两人，都是轩辕剑(回顾、新闻、小游戏)转世，只是暮云所拥有的剑气，比哥哥朝云要多。那日徐庶得知暮云协助曹睿万般不喜，两人便起争执，暮云一时失控，杀死了徐庶。为了赎罪，暮云遵从徐庶的遗愿，保护诸葛亮的安全。而那日诸葛亮身重剑气本就该死，只是因为暮云以剑气帮诸葛亮续上心脉才得以苟延。如今暮云已死，剑气与朝云合二为一，诸葛亮的生命也就走到了尽头。
本以为一切俱已完结的众人正要离开这个充满悲伤的地方，一股赤红的飓风袭来，那正是赤衣尊者。她是为了向杀死曹睿的飞羽复仇而来，而更出人意料的是，横艾竟然称她为“妹妹”。然而赤衣的愤怒无法抑制，众人只得一战。最终，赤衣不敌，眼见就要元神尽散而亡。为了救治妹妹，横艾带着赤衣离开，并告诉朝云，等到他带着耶亚希返回夷洲时，会为他来送行。
时光悠悠，朝云带着耶亚希以及她的族人返回夷洲前，赵云来到海边为他们送行，而横艾也依约而至。她告诉朝云，他此去夷洲后还要去的地方会使他遇到极大的凶险，因此她给了朝云一个锦囊，里面有帮他祛凶除厄的方法，还答应等他回来就把一切的真相都告诉他。在朝云带着耶亚希离开之后，横艾才对赵云说明了一切。原来她，巫山仙子，洛水仙子以及赤衣磬儿，都是由天女青儿所携带的四件乐器所化。她们姐妹约定，要为自己寻觅终生伴侣。巫山仙子选择了周瑜，她成功了；洛水仙子选择了曹植，但是两人始终未成善果；赤衣选择的是曹睿；而横艾，则先后选上了两个男子：一个是焉逢，另一个就是孔明。她与十六岁的孔明相遇，帮助他出人头地，但诸葛亮还是娶了黄氏为妻。横艾觉得她与诸葛亮渐行渐远，于是才重新选择了朝云。同时她又告诉赵云，刺杀诸葛亮，最后的主使者并不是与诸葛亮意见相左的赵云，而是诸葛亮本人。诸葛亮觉得自己已经日渐远离了自己安国安民的初衷，但又深陷于刘备的重托无法自拔，死才是他最好的解脱方式。所以，是他让横艾引导飞羽以及赵云下了刺杀诸葛亮的决定。本来横艾可以亲自动手，但又心中不忍，于是借由飞羽的刺杀达成了诸葛亮的心愿。其实在她心中，迟迟忘不了孔明，用草人化作十六岁孔明模样的徒维带在身边，就是最好的明证。
赵云望着昔日战友的兵器，决议还是要再次挑起北伐的重任，他期盼着朝云自海外归来的一天，就是大汉挥兵北上的日子。可是赵云一直等到续命之法销尽的日子，朝云依然不见归来。朝云为了达成弟弟的心愿，前往山海界，而耶亚希则在海滩上日日等着他的归来。尚章此后退出飞羽，隐姓埋名伴在父亲与姐姐的墓前。青冥继续行走于民间，寻找裘暖，终于有一天，他停住了脚步。马弃决定不再认亲，跟随养母华妍，继承华佗医术悬壶济世。司徒蔷终生不嫁，于民间开办学堂，普及防疫知识。增长使魏延在争权中被灭族，多闻使邓芝因畏罪而避世；广目使费袆执政之后，将有关于飞羽的记载尽数销毁。最终，三国归晋。而在赵云的请求下，横艾以伏羲琴之力将有关于飞羽的一切在世人的心中消去。
数百年后，青龙圣者夏柔带着轩辕剑来到轩辕界。朝云与耶亚希的灵体在海边相会，自此——剑的传说，直到永恒！
