1.防止跳出web目录
首先修改httpd.conf,如果你只允许你的PHP脚本程序在web目录里操作，还可以修改httpd.conf文件限制PHP的操作路径。比如你的web目录是/usr/local/apache/htdoCS，那么在httpd.conf里加上这么几行：
PHP_admin_value open_basedir /usr/local/apache/htdoCS
这样，如果脚本要读取/usr/local/apache/htdoCS以外的文件将不会被允许，如果错误显示打开的话会提示这样的错误：
Warning: open_basedir restriction in effect. File is in wrong directory in
/usr/local/apache/htdoCS/open.PHP on line 4
等等。
2.防止PHP木马执行webshell
打开safe_mode,
在,PHP.ini中设置
disable_functions= passthru,exec,shell_exec,system
二者选一即可,也可都选
3.防止PHP木马读写文件目录
在PHP.ini中的
disable_functions= passthru,exec,shell_exec,system
后面加上PHP处理文件的函数
主要有
fopen,mkdir,rmdir,chmod,unlink,dir
fopen,fread,fclose,fwrite,file_exists