系统命令要独占地控制系统，并让一切正常工作。所有如 login（完成控制台用户身份验证阶段）或 bash（提供用户和计算机之间交互）之类的程序都是系统命令。因此，和它们有关的文件也特别重要。这一类别中有下列令用户和管理员感兴趣的文件。
/etc/lilo.conf
包含系统的缺省引导命令行参数，还有启动时使用的不同映象。您在 LILO 引导提示的时候按 Tab 键就可以看到这个列表。
/etc/logrotate.conf
维护 /var/log 目录中的日志文件。
/etc/identd.conf
identd 是一个服务器，它按照 RFC 1413 文档中指定的方式实现 TCP/IP 提议的标准 IDENT 用户身份识别协议。identd 的操作原理是查找特定 TCP/IP 连接并返回拥有此连接的进程的用户名。作为选择，它也可以返回其它信息，而不是用户名。请参阅 identd 联机帮助页。
/etc/ld.so.conf
“动态链接程序”（Dynamic Linker）的配置。
/etc/inittab
按年代来讲，这是 UNIX 中第一个配置文件。在一台 UNIX 机器打开之后启动的第一个程序是 init，它知道该启动什么，这是由于 inittab 的存在。在运行级别改变时，init 读取 inittab，然后控制主进程的启动。
/etc/termcap
一个数据库，包含所有可能的终端类型以及这些终端的性能。