关于使用杀毒软件保护系统安全的问题，目前存在着两种极端：一种认为杀毒软件的实时监控会占用大量系统资源，影响系统运行速度，所以干脆不安装任何杀毒软件以换取系统性能；一种则是把计算机安全环境考虑得过于严峻，于是把杀毒软件、防火墙、反木马程序、隐私保护程序一股脑的安装到系统中，惟恐系统保护得不够严密。但草木皆兵不但耗费了大量的系统资源，多少还会影响使用电脑的心情。其实我们完全可以采用功能强大，系统资源占用少的防病毒软件，再加以合理的设置，这样既可以保证系统的安全，又能解决系统资源占用过多的矛盾。
选择优秀的杀毒软件
功能强大和占用资源少一直是杀毒软件的一对矛盾，好像既要马儿跑，又要马儿不吃草的味道。不过目前的杀毒软件都兼顾到了这两点，如卡巴斯基和江民的KV系列杀毒软件，对于系统内存的占用在大多数情况下只有数百KB到数MB之间，这么少的系统资源消耗对于目前的绝大多数电脑来说都开销得起。
合理设置实时监控
现有的网络病毒十分猖獗，对安全的威胁来自多方面，这就需要杀毒软件具备多项实时监控能力。以KV2006为例，它的实时监控就包括了文件监视、邮件监视、隐私保护、木马/注册表监视、网页监视等七项（如图1），如果把它们全部打开的话资源消耗自然小不了。一般来说，文件监视和网页监视是必不可少的，而像邮件监视这样的项目，如果很少收发邮件或只使用Web方式收发邮件，完全可以关闭它。其它的监视项目可以根据自己的实际情况来取舍。
