传输质量对天气非常敏感是FSO的另一个主要问题 。晴天对FSO传输质量的影响最小，而雨、雪和雾对传输质量的影响则较大。据测试，FSO受天气影响的衰减经验值分别为：晴天，5-15db/km、雨，20-50db/km、雪，50-150db/km、雾，50-300db/km。国外为解决这个难题，一般会采用更高功率的激光器二极管、更先进的光学器件和多光束来解决。
再一个难题是在城市内，由于建筑物的阻隔、晃动将影响两个点之间的激光对准。对FSO来说，为了保证光传输链路的性能，光链路两端的对准（捕获）和保持（跟踪）至关重要。国外FSO公司多采用GPS（全球卫星定位系统）来连续进行监测和调整发射器和接收器的位置，使调校系统费用较为昂贵。
激光的安全问题也会影响其使用。超过一定功率电平的激光有可能对人眼产生影响，人体也可能被激光系统释放的能量伤害。
挑战FSO的“歌德巴猜想”
针对快速光链路两端的对准和保持这个技术难题，清华同方FSO技术研究小组首次创新的将一种光学器件应用在无线光通信产品中，并加以自主专利技术的控制算法和DSP信息处理技术，大大提高了系统的灵敏度。在无需GPS的帮助下，在短短几秒内完成初始链路连接。无论建筑物晃动还是其他外力因素干扰时，都能自动跟踪，保持通讯。在任何干扰下重新对准的时间在几毫秒内。
国外产品为了提高通信距离和对准度，往往加大激光管发射功率、采用多光束同步发射和大孔径光学接收天线。从而使激光管寿命减少、光斑很大，且系统成本增高。同方FSO系统采用了有自主产权的自动跟踪和自动搜索技术， 激光管仅在毫瓦级上工作，用很小的光斑即完成相同距离的通信，使系统成本大大降低。国外同类产品难以克服当太阳光直射时的干扰，同方FSO系统打破了传统的滤波手段，而采用自主专利技术的电路设计方案和软件控制技术，使得系统在太阳光直射时，也能快速精确对准和保持光链路的连接。
环境干扰也是FSO要克服的难题之一 ，目前国外也没有很好的解决方案。人工环境是同方拥有自主技术并坚持发展的主要领域，在同方FSO系统中，就采用了同方的环境控制技术和封装技术，使同方FSO系统不受环境、气候、季节的影响，而能全天候工作。
