除了覆盖型的文件型病毒之外，其他感染COM型和EXE型的文件型病毒都可以被清除干净。因为病毒是在保持原文件功能的基础上进行传染的，既然病毒能在内存中恢复被感染文件的代码并予以执行，则也可以依照病毒的方法进行传染的逆过程----将病毒清除出被感染文件，并保持其原来的功能。对覆盖型的文件则只能将其彻底删除，没有挽救原来文件的余地了。
如果已中毒的文件有备份的话，当然是把备份的文件拷贝回去就可以了，如果没有的话就比较麻烦了。执行文件若加上免疫疫苗的话，遇到病毒的时候，程序可以自行复原；如果文件没有加上任何防护的话，就只能靠解毒软件来解，不过用解毒软件来解毒不保证能够完全复原，有可能会越解越遭，杀完毒之后文件反而不能执行。因此，用户必须靠自己平日勤备份自己的资料。
由于某些病毒会破坏系统数据，如目录和文件分配表FAT，因此在清除完计算机病毒之后，系统要进行维护工作。病毒的清除工作与系统的维护工作往往是分不开的。