和ISA Server 2000相比，ISA Server 2004的架构有了很大的变化，所以从ISA Server 2000企业版升级到ISA Server 2004企业版是一个比较复杂的过程，和直接安装ISA Server 2004企业版几乎无异。所以除非在非常庞大和复杂的ISA阵列环境中进行升级，否则我推荐你还是直接安装ISA Server 2004企业版为好；其实就是在非常庞大和复杂的ISA阵列环境，你都可以通过逐步的使用ISA Server 2004替换ISA Server 2000来完成ISA阵列的升级。
配置存储服务器（CSS）是ISA Server 2004企业版中新提出的非常具有创新性的改进，但是ISA Server 2000企业版是不支持这一特性的。所以在升级过程中，你需要额外预先部署好一台配置存储服务器，然后在升级ISA Server 2000企业版的过程中加入此配置存储服务器，最后导入迁移向导导出的配置文件完成升级。所以，我们升级需要进行的步骤有：
在额外的服务器上安装配置存储服务器；
在配置存储服务器上建立阵列；
在需要升级的ISA Server 2000服务器上运行迁移向导保存当前配置；
在需要升级的ISA Server 2000服务器上运行升级；
在升级完成后导入迁移向导保存的配置文件；
另外，运行升级也对原来的ISA Server 2000系统有所要求：
ISA Server 2000服务器上安装有SP1或者SP2补丁；
只能从 ISA Server2000企业版升级到ISA Server 2004企业版，并且升级的版本语言必须相同；
如果是不同计算机间的升级，请转移相关的证书；
由于ISA Server 2004企业版只支持在Windows Server 2003上安装配置存储服务器和ISA Server服务，所以如果是从运行在Windows 2000 Server系统上的ISA Server 2000升级，请先安装ISA Server 2000的SP1或者SP2补丁，然后将系统升级到Windows Server 2003，最后再进行升级；
在升级的过程中，有以下注意事项：
升级 ISA Server2000 阵列时，应用于 ISA Server2000 阵列的企业策略将升级，但升级为空策略。就是说，企业策略不包含任何规则。
ISA Server 2000的访问策略规则不会升级到ISA Server 2004，包含站点和内容规则、协议规则和数据包筛选器；同样，ISA Server 2000的发布规则也不会升级到 ISA Server2004。
ISA Server2004 不支持带宽规则（以及相关联的策略元素），将不对这些规则进行升级。
大部分ISA Server 2000的策略元素都可以升级到ISA Server2004：ISA Server2000 中的企业级策略元素升级为 ISA Server2004 企业级策略元素；同样，ISA Server2000 中的阵列级策略元素升级为 ISA Server2004 阵列级策略元素。不过所属的类别可能有所变化。
其他更多的升级注意事项，请参见ISA Server 2004的帮助。
本篇文章的试验网络如下图所示，在这次试验中，将对运行在Sydney计算机（Windows Server 2003系统）上的ISA Server 2000企业版进行升级，升级过程中会在Florence上安装配置存储服务器（CSS）。在进行试验之前已经确认各计算机的网络连接及相关服务工作正常。
这次试验中，各计算机的TCP/IP设置可以忽略；这是一个典型的边缘防火墙模型，内部网络为带有域的网络，域名为Contoso.com，IP地址范围为10.2.1.0/24。内部网络中的所有计算机都加入了域，并且试验中所有的操作都是通过域管理员身份登录来完成。
本次试验的步骤如下：
在Florence上安装配置存储服务器；
在Florence上建立阵列；
在Sydney上运行迁移向导保存当前配置；
在Sydney上运行升级；
在Sydney升级完成后导入迁移向导保存的配置文件；
在Florence上安装配置存储服务器
由于Florence是英文版操作系统，只能安装英文版的ISA Server 2004企业版，所以下面安装的是英文版本，不过中文版的操作是一致的。
在ISA Server 2004企业版的光盘自动运行界面上，点击安装ISA Server 2004，在弹出的欢迎使用ISA Server 2004安装向导页，点击下一步；
在协议许可和用户信息页面上点击下一步；
在安装场景页，选择安装配置存储服务器，点击下一步；
在组件选择页，接受默认选择，点击下一步；
在企业安装选项页，因为是第一个配置存储服务器，点击新建一个ISA企业，点击下一步；在新企业警告页，点击下一步；
在企业配置环境页，接受默认的选择我是在单个域中或者有信任关系的域中部署，然后点击下一步；
在准备安装程序页，点击安装；
等待一段时间后，配置存储服务器安装完毕，勾选向导关闭后运行ISA Server管理控制台，再点击完成。
在Florence上建立阵列
由于在升级过程中不能直接新建阵列，所以现在我们需要新建一个阵列为升级做准备。在ISA Server 2004管理控制台中，右击阵列，选择新建阵列；
在欢迎使用新建阵列向导页，输入阵列名，在此我们输入SYDNEY，然后点击下一步；
在阵列域名页，输入阵列的域名。这个域名是为防火墙客户端和Web代理客户所用，你可以通过它做网络负载均衡，在此我们输入Sydney的FQDN Sydney.contoso.com，然后点击下一步；
在企业策略分配页，接受默认的默认策略，点击下一步；
在阵列规则类型页，接受默认的选择，点击下一步；
最后在正在完成新建阵列向导页，点击完成；在弹出的建立阵列窗口点击确定，最后在ISA Server 2004管理控制台点击应用以保存修改和更新防火墙策略。
在Sydney上运行迁移向导保存当前配置
现在我们可以开始升级Sydney上的ISA Server 2000了。为了测试，我在Sydney上运行的ISA Server 2000中分别建立了两条访问规则和一个目标集YAHOO，如下图所示：
放入ISA Server 2004企业版的安装光盘，在光盘自动运行界面上，点击运行迁移向导；
在弹出的欢迎使用ISA服务器迁移工具页，点击下一步；
在文件位置页，点击浏览为导出的配置文件选择路径和文件名，在此我接受默认的ISA2KExport.xml文件名，然后选择保存在C盘根目录下，然后点击下一步；
