在第一部分中，我讨论了为什么系统泄密和磁盘的损坏是导致NTFS磁盘很快就饱和的两种可能原因。但是还有其他的因素也可能是导致这样结果的原因。
你可以在IE浏览器或命令提示符状态下查阅下面讨论的问题。
硬连接，卷的装入点以及目录交叉点。这些并不能真正填满磁盘;它们只是看起来很像是填满硬盘的东西。一个硬连接是一个文件的目录入口。所有文件都至少有一个硬连接，但是NTFS允许同一个文件拥有多个硬连接。作为结果，你可以拥有多个硬连接，每一个硬连接都报告文件大小，并指向相同的文件。
卷的装入点和目录交叉点是指向另一个卷上的文件或文件夹的结构。这对于长期文件管理来说是非常有用的，但使用“dir/s”命令或使用IE浏览器时，它也产生不准确的统计信息。
主文件表扩展。主文件表是NTFS下磁盘结构的基本纪录。它启动时大约占用16K空间，并且每次文件或文件夹被添加到磁盘中的时候，它都会增加1K大小的纪录，叫做主文件表(MFT)的文档纪录段(FRS)。因为NTFS磁盘能够存储更大文件和文件夹，MFT成为了磁盘中真正的一部分。
主文件表的问题在于删除了文件之后只是在MFT中留下未使用的空间。FRS被标记为可以使用，但是主文件表的大小并不因此而减少。如果你删除了许多小文件，这将会消耗非常巨大的存储空间。这是由于Windows自带的磁盘碎片整理程序不能整理MFT的原因造成的。
然而，Windows中的磁盘碎片整理程序将会告诉你MFT中的碎片有多大，有多零碎。如果必要的话，你可以使用第三方的磁盘碎片整理程序来减少MFT的大小。
无效文件名。如果一个文件命不能遵守正确的NTFS命名规则，那么它将不会在统计中被报告出来。这种情况最普遍的例子是前面或者后面插入了空格的文件名。这些在NTFS下是合法的，但Win32就不能可靠的处理它们。
还有其他的一些原因也可以导致NTFS中不准确的文件统计信息。微软公司在知识库中有很多关于这个问题文章，如何在NTFS卷上查找并修正磁盘空间问题。
