微软已经列出了可能会在SP2里出现问题的程序名单。这不是一份和SP2不兼容的程序名单，但是名单上这些程序有可能在安装SP2的机子里不能正常工作或者时和以往的运转不同。
SP2引入了许多新的特色来帮助提高WindowsXP的性能和安全，名单上的有些程序有可能是和Windows防火墙有冲突。你可以通过搜索微软的知识库（Microsoft Knowledge Base）查询SP2新特色对这些程序都有那些影响。（提示：用WINXPSP2作为搜索关键字）
名单中许多软件的供应商将会发行补丁来解决他们的软件可能出现的问题。例如Neowin UXTheme MultiPatcher，名单上的版本号是 V1.5.1，但是在SP2发行后Neowin已经把程序的版本升级到version 2.0。