在卸载 Windows 2000 之前，我们有必要了解一下操作系统。在你格式化一个硬盘之前，可以选择把整个硬盘作为一个分区或者根据自己的实际需要进行划分。在分区完成以后必须是其中一个分区处于激活状态。无论你有多少个硬盘或者多少个分区，Windows 在系统启动时只承认一个有效的激活分区，你可以用 Windows 9x 启动盘上的 FDISK 命令查看分区的状态并确定那个分区是激活的，操作系统会自动分配给激活分区盘符 C:\。当我们在硬盘上面安装一个操作系统的时候，系统引导文件始终是被放置在激活分区C:的，即使你把操作系统的安装目录指定到其他的逻辑分区中。
如果你在硬盘中只装有一个操作系统，系统引导文件和系统本身通常都是安装在激活分区 C: 中。如果你有多个操作系统被安装在同一个硬盘上，各个系统的引导文件同样被安装在 C: 中。理解了这一点后，会卸载 Windows 2000 变得更容易。
一、硬盘上只装有 Windows 2000 卸载 Windows 2000 最简单的方法就是用一张 Windows 9x 的系统盘引导，然后快速格式化装有 Windows 2000的硬盘分区，例如 FORMAT C: /Q，这将删除硬盘上面的所有文件，在确定删除前做好相关文件的备份。Windows 9x 的系统盘引导只能识别 FAT 和 FAT32 格式的硬盘分区，如果你的 Windows 2000是安装在 NTFS 格式的分区上面的，FDISK 命令就不能识别，显示为不明分区（unknown partition），但是我们依然可以将它删除。
要是你并不想格式化硬盘，而你的 Windows 2000 又是装在 FAT/FAT32 分区上的，可以通过删除 Windows 2000 的引导文件来卸载。这些引导文件包括 boot.ini, bootsect.dos, ntldr, ntdetect.com 和 ntbootdd.sys。在删除前使用 “ATTRIB -H -R -S C:\*.*” 命令去除文件的隐含和系统属性。然后用 DELTREE 命令删除 WINNT 目录和引导文件。同时删除页面文件 pagefile.sys 和“休眠”的系统设置存盘文件hiberfil.sys。并用一张 Windows 98 的系统盘引导计算机然后运行以下命令：
A:\sys c:
二、在 Windows 9x 与 Windows 2000 多引导系统中卸载 Windows 2000
你可以使用一张 Windows 98 的系统盘引导计算机然后运行以下命令：
A:\fdisk/mbr
A:\sys c:
A:\deltree C:\WINNT
A:\deltree C:\boot*.*
A:\deltree C:\nt*.*
A:\deltree C:\hiberfil.sys
A:\deltree C:\pagefile.sys
三、在 Windows 9x 与 Windows 2000 多引导系统中卸载 Windows 9x
卸载 Windows 9x 显示更简单一些，用“ATTRIB -R C:\ boot.ini”命令去掉 boot.ini 的只读属性，然后用“记事本”程序编辑，删除含有Windows 9x 这一行文字，确保 Default= 这一行中的系统是你硬盘中的 Windows 2000，而不是 Windows 9x。也可以在 Windows 9x 上方加入[any text]进行简单的屏蔽。我们举例说明：
[Boot Loader]
timeout=3
Default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT
[Operating Systems] multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Professional" /fastdetect /nodebug
[any text] C:\="Microsoft Windows Millennium Edition"
我们可以将 timeout= 的值设置为 0，这样讲不会显示多系统引导界面，而是直接启动你的 Windows 2000。然后从 Windows 9x 的分区上删除 Windows 与 Program Files 目录，删除 Windows 9x 引导文件： io.sys，msdos.sys，command.com 还有 autoexec.bat 和 config.sys。
