上一次，我告诉了你如何发现是否有入侵者在你的UNIX系统上放置了rootkit。Rootkit是UNIX系统核心命令替换程序的集合，它用于入侵成功后清除痕迹并维持对受害系统的访问。
你可以使用商用的或者开放源代码的程序，例如Tripwire或者chkrootkit，来检查你系统上是否存在rootkit。但是，发现有人攻破了你的UNIX系统是一回事――而清除这个烂摊子完全又是另外一回事。
清除rootkit将是一件复杂的事情。UNIX没有一个统一的（程序）包标准，这就意味着重新安装整个操作系统是通常的恢复方法。
这对于很多人来说不是一个好消息，尤其是当受害系统包含有不可替换数据的时候。有了数据备份的帮助，你可以把很多系统清理干净，而不需要停止它们的运行。
使用小红帽程序包管理器（Red Hat Package Manager，RPM）的Linux系统能够以根用户的权限运行rpm ?Va命令，从而迅速地检查系统文件的完整性。这条命令会输出一个列表，上列着自从原始版本以来发生过改变的文件和目录，但是这并不意味着已经被安装了一个rootkit。要小心的是，对netstat、ifconfig、ps和chsh等命令文件进行更改是rootkit的典型做法，而不论所使用的UNIX操作系统是什么。
如果你怀疑已经被人安装了rootkit，那么要做的第一件事就是拔掉网络连接，尽快关掉受害机器，并在单用户模式启动它。如果你有“急救”启动磁盘或者光盘，那么就要用它了。
一旦在单用户模式启动了机器，你就可以开始恢复过程了。如果没有用于你Linux系统的“急救”磁盘，就要在Google上搜寻一个了。
入侵者一般都会更改Linux系统上的rootkit文件的属性，以防止其他的人替换它们。对受怀疑的文件或者目录运行lsattr命令会显示它们同其他可执行程序文件的差别。
标有“不可更改”标记（“i”）的文件总是可疑的。这个标记意味着有人已经使用chattr命令更改了rootkit文件，以防止你删除或者替换文件。
恢复的关键是确信你没有改错的文件。Rootkit经常会替换掉/bin、/sbin、/usr/bin和/usr/sbin下面的文件，这些地方放着UNIX命令需要使用的一些主要文件。Rootkit也会把目录和文件放在这些地方之外，但是除非你绝对确信这些文件属于rootkit而不是某个合法的应用程序，你就应该不去管它们。
如果找到了一个值得怀疑的rootkit文件，那么你就需要用一个合法的文件来替换它。如果你的Linux使用RPM，那么就要用rpm -q -f {file}来寻找替换受害文件的程序包。使用RPM的时候，替换受害文件的最佳方法是重新安装整个程序包，所以你需要安装光盘或者是同一Linux版本的程序文件。
但是在你能够替换程序包之前，你必须对标记为不可更改的受害文件“解锁”。在Linux上，chattr ?I命令用于解锁，这样你就能够删除或者替换它们。（关于这些命令的更多信息请参看lsattr和chattr的使用手册。）在给受害文件解锁之后，你可以使用rpm -Uvh {package}命令来重新安装程序包，这就会替换掉受害文件。
替换掉受害文件并不意味着你就解决了这一问题，但是如果你需要尽快让系统恢复运行，这就是一种方法。有的时候，让机器尽快恢复运行要比了解入侵者如何攻破受害机器更为重要。但是这种调查工作肯定应该是你的下一步目标，否则很有可能又会有人再次攻破你的机器。
