Linux对于中国政府、企业的重大意义是有目共睹的，但是我们应当冷静的看到，目前Linux的可持续发展依然存在巨大的阻力和障碍。其中，Linux兼容性问题一直是困扰Linux行业发展的一个主要问题。
Linux硬件兼容性主要是指Linux操作系统对显卡、声卡、网卡、主板芯片组、移动存储设备、Raid卡、SCSI卡、打印机、扫描仪、数码影像设备、鼠标、键盘等硬件的支持能力。从目前来看，在IBM、Intel等大型软硬件提供商的支持下，Linux的软硬件兼容性已经有了飞速的发展， IBM等公司已宣布全线产品支持Linux，其它各大公司也积极表示支持Linux的发展。虽然整体形式是乐观的，但我们也应当看到在Linux兼容性方面还依然存在着大量问题：
（1）Linux发行版本过多，各版本之间存在较大差异
Linux做为自由软件，其核心的开发和规范一直是由Linux社区控制着，版本也是唯一的，而发行版本不受限制，发行版本中最著名的是Red Hat，其他发行版本包括在亚洲销量最大的Turbo Linux、在南美洲拥有最高市场份额的Conectiva S.A., 全球最大的商用Linux平台SCO, 界面华丽、在欧洲市场占第一位的SuSe SuSE Linux AG等，在国内市场占有一席之地的有中科红旗、中软、Xteam等等。
即使是支持Linux的软硬件厂商也不可能分别支持每一个Linux的发行版本，他们之中的大多数只支持Red Hat或Turbo Linux等发行量最大、影响最广的国外厂商的发行版本，这样对国内Linux的发展不利，不符合中国发展自主版权操作系统、保护国产软件的需要。
（2）Linux硬件兼容性问题尚未解决
由于Windows在操作系统上的近乎垄断的地位和驱动程序在不同操作系统上的巨大差异，大多数硬件产品厂商只开发Windows操作系统驱动， Linux驱动多为业余人员和爱好者编写。由于爱好者往往不能够完整了解硬件产品的核心技术，而没有严密组织的开发过程通常并不严谨，造成程序中存在众多缺陷。以打印机为例，EPSON公司从未开发过任何Linux相关驱动，但是大部分的EPSON打印机已经被Linux兼容，但是目前问题集中在打印效果较差，打印的效率低下，不能体现新型打印机的高性能。在通过多年的测试和监理中可以发现，某些设备，如多串口卡，厂商承诺支持Linux，但是由于兼容性测试进行的不够完善，造成在工程应用当中，出现了严重的死机应用程序退出等问题，严重延误了工程质量，间接的造成了损失。目前较为成熟的硬件驱动包括显卡驱动、网卡驱动等，而对数码相机、扫描仪等设备，Linux的支持尚待完善，而对于某些Raid卡、SCSI卡、无线设备、USB设备的支持情况更令人担忧，在很大程度上造成了Linux应用的困难。
（3）缺乏应用程序的支持
Linux操作系统已经解决了USB设备的支持问题，但新的问题随之而来。如USB闪盘，国产Linux已可做到自动挂载，但部分闪盘提供了密码校验功能，而校验程序是Windows应用程序，无法运行在Linux上，因此这部分闪盘便无法在Linux操作系统上使用了。，再如CD-RW刻录机、USB扫描仪、数码相机等，也存在同样问题，虽然Linux可以识别该设备的存在，但是厂商并不提供相关的刻录、识别、图像等软件支持，用户仍无法像在Windows系统上那样顺利使用。
（4）缺乏必要的推进力量
由于目前95％的桌面系统和40％以上的服务器系统使用Windows，造成众多硬件厂商不愿意或没有动力开发Linux的相关驱动。随着政府对软件自主产的重视和对Linux操作系统的公开支持，加之北京市政府采购中全面采用Linux操作系统、中石化金卡工程选用TurboLinux等一系列举措， 迅速提高了业界对Linux的认可，在一定程度上可以推动硬件厂商对于Linux的重视，在近期的Linux硬件兼容性测试中，硬件厂商纷纷表现出对Linux兼容性的重视，但送测硬件的厂商均未能在测试中提供相关Linux驱动，表明大多数硬件厂商仍在观望，推动Linux硬件兼容性的力量还有待继续加强。
（5）缺乏必要的认证手段
硬件产品认证并不是新鲜事务，对于硬件产品认证的机构很多，像WHQL（微软硬件质量实验室、长城认证、TCO认证、FCC认证），认证的方向涵盖了Windows兼容性认证、电磁兼容认证、环保认证等诸多方面，事实证明，通过这些认证，有效的保证了广大最终用户得利益，确保了硬件产品的质量和对操作系统的支持。尤其是WHQL（微软硬件质量实验室），事实表明，通过了WHQL认证的硬件产品和驱动程序Windows操作系统存在兼容性问题会减到最小，原来常见的蓝屏、死机等不稳定的情况也大大减少。而目前还没有任何认证手段可以证明硬件对Linux操作系统的支持程度。
操作系统是一切应用软件运行的平台，采纳和应用推广Linux软件技术，通过创新，大幅度地增加自主知识产权软件所占比例，完善我国自主的软件体系，不仅能为国家带来经济利益，而且对我国信息产业自主发展、国家信息安全也将起到重要作用，能够保证我国软件的使用和维护不被商业公司所垄断和控制。
硬件平台是信息系统的基础，要确保国产操作系统，尤其是国产Linux操作系统能够真正替代国外产品，首先需要外围硬件的支持，如果硬件兼容性无法保证，那么操作系统的基本功能将无从谈起，用户已有投资得不到保护，会极大动摇用户采购国产操作系统的积极性。。如果绝大多数硬件平台都能够很好的支持国产Linux操作系统，就可以为Linux在中国的发展铺平道路，Linux才能更好的为电子政务、电子商务、办公自动化、企业信息化服务。
