这里只是说到我习惯的一种方式，和大家分享，由于我经验不足，可能存在一些问题或者有更好的解决方案，可以一起学习。
首先，在工具的选择上是这样的：FlashIDE + Eclipse+ FDT+ VSS for Eclipse+ Rose + XMLSPY。
先看一个图：
Core Library：这个是FDT必要的Flash Class，可以不管。
source：这里保存我的所有原代码，但也只有原代码，包括Fla和AS。
album：是项目包，也就是一个开发相册的所有原代码。
net：基本类库，任何项目都可以使用这个基本的类库，这样可以在开发其他的项目时避免代码的重复编写。
wastest：测试代码库，主要对基本库和项目库中的代码或模块编写测试代码。
Fla文件：所有的Fla文件存在于此，事实是我认为全部放在这里在管理上不是很方便，但还没有找到更好的方式。
code：其他代码，比如JAVA、有JAVA转为AS的代码。
datum：资料，一些与项目有关的文件，比如图片、项目需求等等。
deploy：类似于Release，所有生成的Swf文件和基于项目需要的数据都在此，这样可以在需要成品的时候直接打包这个文件内容即可。
javacode：Rose生成的Java文件。
models：Rose文件，用户需求、类库等都由Rose先建立模型。然后转为java代码，再转为as代码，目前我还没有建立反向工程。也不知道IBM什么时候提供 for as的Tools。
tools：一些开发用的工具，比如一些jsfl。