毛发的颜色是由毛发皮质中黑素颗粒的种类和数量决定的。头发可有黄色、红色、棕色及黑色或白色等，与种族和遗传有关。发的颜色在人体并无生物学的功能，它不能保护
黑素的颗粒有两种：即真黑素（eumelanin）和褐黑素（phaeomelanin）。
真黑素为深色素，为黑发与浅黑色发中的主要色素颗粒；褐黑素为淡色素（黄红色），多见于红发和黄发中，红发中几乎全部为褐黑素。白发完全不含黑素，其白色是由于其反射光线而产生的视觉效果。
毛发的颜色可因年龄及某些疾病等因素的影响发生变化，如老年头发由黑变灰或变白，其发生的基础是由于毛球中酪氨酸活性逐渐丧失致黑素产生逐渐减少或完全不能形成。
头发颜色的深浅和不同也与它所含量元素有关。例如黑发中含较多的铜和铁，金黄色头发中含有钛；红棕色的头发中含有铜和钴；含镍过多的头发可呈灰白色。黑发不会因受精神创伤而突然变白，因为黑素颗粒本身无生物活性而不会很快被破坏掉。