虽然只使用FreeBSD基本系统提供的功能，就能将计算机系统设置为具有非常高的安全性的系统。然而网络上也存在各种用于增强或检查系统安全性的软件工具，有些工具是标准程序的更安全替代品，增强了系统安全性，有些是对系统或网络进行监视和检查的工具。使用这些工具，毫无疑问会进一步增强系统的安全性。FreeBSD的Packages Collection或Ports Collection通常将这些工具放在security子类中。 系统工具软件
虽然FreeBSD系统本身提供了对访问的认证、控制和记录，然而由于在Unix系统中，服务程序基本上是独立的，使用标准的安全控制方式的服务程序能从FreeBSD的认证控制机制中获益，但是有些服务程序并没有使用这些安全认证方式。对于独立进行认证控制的软件，除了使用其本身的控制能力之外，还有一些独立的软件具备为其他程序服务的控制访问功能。
还有一些系统工具，能用于自动检查系统，帮助管理员发现系统中存在的问题，这些软件也是非常有用的工具。此外，还有一些工具软件属于系统工具，但对于增进系统安全也有很大意义，例如sudo，能在一定程度上增加root口令的安全性。TcpWrapper
tcp_wrapper对于多种服务器软件是非常有用的访问控制工具，它能以统一的方式保护各种不同服务器。对于没有受防火墙保护的独立主机系统，tcpwrapper的保护更为重要。因为配置了tcp_wrapper之后，任何向inetd发起的连接首先是连接到tcp_wrapper提供的tcpd上之后，再连接到具体的服务进程上，这样tcpd就有机会查看远程系统是否被允许访问，并能将连接的情况通过syslog记录下来，包括请求的种类，时间和连接的来源地址。
这个程序事实上代替了系统提供的守护进程，来轻松和高效的监控外部网络与服务器的连接。由于它提供了详细的日志记录，也是用于抓住入侵者，并提供可靠的证据的一种方法。tcpwrapper的思想与代理型防火墙的思路是相同的，都是通过替换正常服务器的做法来完成控制任务。
当使用Packages Collection安装了tcpwrapper之后，它的守护进程tcpd就被安装到了/usr/local/libexec目录下，然后就能使用tcpd来代替原有的守护进程提供网络服务了。
FreeeBSD 3.2-RELEASE之后，tcp_wrapper进入了FreeBSD的基本系统中，而不再需要额外安装。
有几种不同的使用tcpd的办法，最基本的办法是通过更改inetd.conf来启动tcpd。例如要想让tcpd来保护 fingerd，那么就需要将inetd.conf中对应fingerd的设置更改为tcpd：
finger stream tcp nowait/3/10 nobody /usr/local/libexec/tcpd fingerd -s
tcpd能在标准的系统文件目录中查找正确的守护进程以提供服务，如果进程不在标准的目录路径下，就需要在最后一列中指定所要执行文件的全路径，如/usr/libexec/fingerd。此后，对finger端口的访问，将被记录进系统的日志文件，具体为syslog.conf中对auth指定的记录文件，例如下面的syslog设置将tcpd的信息发送到/var/log/auth.log 文件中（需要保证auth.log文件已存在）。
auth.* /var/log/auth.log
tcpd使用/usr/local/etc/目录下的hosts.allow和hosts.deny文件来控制对服务器的访问，访问控制是基于IP 地址和域名的。以下为一个hosts.allow控制文件的例子。可以看出设置文件比较简单易懂，tcpwrapper也提供了一个程序tcpdchk，来检查用户更改过的设置文件是否正确。
ALL: domain.com
telnet: 192.168.3.0/255.255.255.0 EXCEPT 192.168.3.10
此外有着相似功能，但用于替换inetd的软件为xinetd，它能用于代替原有的inetd来启动各种服务程序，但提供了更详细的日志记录。系统安全检查工具
Internet上针对每个系统均报告了大量的安全相关的问题，如果将这些已知的安全问题有效的组织起来，使用程序对系统自动进行检查，就能极大的帮助网络管理员查找现有的问题，使得系统更为安全。网络上存在多种这类的工具，如Satan、cops，就用于这个目的。然而由于它们的强大功能，这些工具也能被企图入侵他人系统的使用者利用，因此为了避免入侵者，系统管理员应该尽早使用这些软件，以起到预防作用。
cops是一个由系统管理员运行，检查系统内部设置的程序。它针对已知的Unix存在问题进行检查，如检查系统中是否存在没有口令的帐户，是否有非法SetUID程序，以及是否存在Internet上已经报告过的系统漏洞，是否存在有问题的软件等等。系统管理员能使用cops来检查系统的配置有无问题。
Satan则与cops不同，Satan是从系统外部进行检查系统是否存在安全问题的程序，它能对网络存在的脆弱性自动进行搜索、分析并提供安全报告。这种从外部分析系统的软件一般称为扫描器，由于Satan功能强大并提供了可扩展的框架，因此在Internet上十分流行。它的另一个特点就是它通过Web浏览器工作，使用者只需指明要搜索的主机以及搜索深度和相近规则的级别，Satan就能自动收集尽可能多的目标信息。
由于Santa是一个安全工具，因此它对扫描目标计算机并没有刻意隐藏，这样就在目标计算机的系统日志中留下了大量的扫描连接记录，尤其是当目标计算机使用了tcpwrapper的时候。这些日志能用于标识是否遭到扫描攻击。一些更隐蔽的软件工具能通过不进行完全连接等方式隐藏扫描记录，要发现它们就更为困难，因而对系统安全更为危险。
