内核探测过系统硬件之后，就启动进程0和进程1，进程0用于清除内存，将所有的内存单元置零，进程1为init 进程，将负责启动系统和各种守护进程。init将系统带入多用户状态，并按照/etc/rc启动脚本启动服务程序。
/etc/rc启动脚本将完成很多非常重要的工作，包括设置磁盘交换、检查磁盘错误、设置网络界面，启动网络服务程序等非常重要的工作。/etc/rc文件将也将执行另外的rc文件，如执行rc.conf用于大部分系统参数的设置，rc.network用于网络设置，rc.firewall用于设置防火墙，以及rc.local，用于管理员对本机特定的启动设置等。其中rc.conf文件中包含了用户能够更改的很多设置参数，这些设置参数在其他rc文件中使用，用于配置系统的参数，因此对系统管理来讲最为重要。
由于大部分服务器程序都是网络程序，因此如果系统的网络设置不正确，这些服务程序将不能正常执行（例如 sendmail）。而且有些程序的超时设置的很长，因此出现错误时会出现系统停留在某个程序上不再继续执行。一般可以不必理会，等待程序超时退出即可，或者可以尝试使用Ctrl-C中断该程序。如果启动脚本真的出现无法继续执行的错误，如果能够通过网络登录，可以先登录进系统再更改启动脚本,而大部分正在执行启动脚本的情况下，网络服务并没有启动，那么就必须重新启动系统进入单用户状态，再修改启动脚本来纠正错误。
#! /bin/sh
swapfile="NO" # Set to name of swapfile if aux swapfile desired.
apm_enable="NO" # Set to YES if you want APMenabled.
pccard_enable="NO" # Set to YES if you want to configure PCCARD devices.
pccard_mem="DEFAULT" # If pccard_enable=YES, this is card memory address.
pccard_ifconfig="NO" # Specialized pccard ethernet configuration (or NO).
local_startup="/usr/local/etc/rc.d /usr/X11R6/etc/rc.d" # startup script dirs.
上面是/etc/rc.conf的部分内容，可以看出参数的设置形式，相应的设置值都给出了提示，使得更改这些参数设置非常容易。rc.onf中的大部分设置可以通过/stand/sysinstall系统安装程序来进行设置，但也有部分参数不能通过sysinstall进行设置，必须通过手工修改这个文件来完成。按照FreeBSD的习惯，这些rc文件，rc.conf用于参数配置，可以由sysinstall安装程序和管理员更改，rc.local中定义这台计算机特定的启动命令，可以由管理员重新设置，而其他rc文件应该保留不变。这只是一种习惯做法，而非硬性规定，然而遵从习惯的好处是系统设置比较清晰，便于系统维护和管理，并且当管理员进入一个新系统中，能立即找到需要的配置文件。
在版本3.1-release之前，/etc/rc.conf中包括了所有参数设定，这样在系统长期运行之后，就无法区分哪个参数为缺省值，哪个参数为管理员更改过的值。在3.1-release中，rc.conf划分为两个文件，/etc/default/rc.conf和/etc/rc.conf，其中/etc/default/rc. conf是设置各个参数的系统缺省值，而/etc/rc.conf仅仅设置本地系统在安装和运行过程中更改的参数，例如hostname等，因此3.1-release之后的/etc/rc.conf文件中的内容较少。事实上 /etc/default/rc.conf中不但设置了读取/etc/rc.conf文件中的设置，还包括读取 /etc/rc.conf.local文件的设置，以适应更复杂的计算机设置情况。对于一般的情况，用不到那么复杂的设置文件，仅仅注意/etc/rc.conf中的设置就满足设置要求了。
BSD Unix传统上只使用rc.local来维护本机特定的启动命令，这样如果系统在启动时需要配置的内容过多，这个文件就会变得相当庞大，不利于系统维护。Unix System V风格的系统使用启动目录而非文件来维护启动命令，每个启动一个特定功能的设置被放入一个单独脚本中，然后将所有的脚本都放入启动目录中，系统启动时逐项检查这个目录中的执行脚本，自动执行这些命令。
System V和BSD的启动管理有很大不同，System V引入了启动级别的概念，可以有6种不同的启动级别，而BSD只简单的分为多用户状态、单用户状态和停机状态3种。在启动的管理方面，System V比BSD更友好一些。
因此FreeBSD吸取System V中的启动目录的思想，在rc.conf中定义了本计算机的系统启动文件存放的目录local_startup参数，缺省使用/usr/local/etc/rc.d目录存放服务器程序的启动脚本，使用/usr/X11R6/etc/rc.d目录存放本地X Window相关的程序启动脚本。这些目录中的以sh结尾并具备执行属性的shell脚本程序将在启动时被自动执行。这两个目录中的脚本程序也是由系统管理员设置和修改的，必须以 “.sh” 结尾，其他后缀的文件将被忽略。习惯上这两个目录里的脚本程序负责启动服务器程序，而 rc.local主要用于调整系统的一些非标准参数设置（rc.conf中没有涉及的设置）。
