学习一门新的知识，不可能指望只看一本，或者两本书就能够完全把握。需要有一个循序渐进的阅读过程。我推荐Oreilly出版的Java系列书籍。
在这里我只想补充一点看法，很多人学习Java是从《Thinking in Java》这本书入手的，但是我认为这本书是不适合初学者的。我认为正确的使用这本书的方法应该是作为辅助的读物。《Thinking in Java》并不是在完整的介绍Java的整个体系，而是一种跳跃式的写作方法，是一种类似tips的方法来对Java很多知识点进行了深入的分析和解释。
对于初学者来说，最好是找一本Java入门的书籍，但是比较完整的循序的介绍Java的语法，面向对象的特性，核心类库等等，在看这本书的同时，可以同步来看《Thinking in Java》，来加深对Java的理解和原理的运用，同时又可以完整的了解Java的整个体系。
对于Java的入门书籍，蔡学镛推荐的是Oreilly的《EXPloring Java, 2nd Edition》 或者《Java in a Nutshell,2nd Edition（针对C++背景）》，我并没有看过这两本书。其实我觉得电子工业出版社的《Java 2编程详解》或者《Java 2从入门到精通》就很不错。
在所有的Java书籍当中，其实最最有用的，并不是O'reilly的 Java Serials，真正最最有用处是JDK的Documentation！几乎你想获得的所有的知识在Documentation里面全部都有，其中最主要的部分当然是Java基础类库的API文档，是按照package来组织的，对于每一个class都有具体的解释，它的继续关系，是否实现了某个接口，通常用在哪些场合，还可以查到它所有的public的属性和方法，每个属性的解释，意义，每个方法的用途，调用的参数，参数的意义，返回值的类型，以及方法可能抛出的异常等等。可以这样来说，所有关于Java编程方面的书籍其实都不过是在用比较通俗易懂的语言，和良好的组织方式来介绍Documentation里面的某个package里面包含的一些类的用法而已。所以万变不离其宗，假如你有足够的能力来直接通过Documentation来学习Java的类库，那么基本上就不需要看其他的书籍了。除此之外，Documentation也是编程必备的手册，我的桌面上有三个Documentation的快捷方式，分别是J2SDK1.4.1的Documentation，Servlet2.3的Documentation和J2SDKEE1.3.1的Documentation。有了这个三个Documentation，什么其他的书籍都不需要了。
对于Java Web 编程来说，最核心的是要熟悉和把握HTTP协议，这个就和Java无关了，在熟悉HTTP协议之后，就需要熟悉Java的实现HTTP协议的类库，也就是Servlet API，所以最重要的东西就是Servlet API。当然对于初学者而言，直接通过Servlet API来学习Web编程有很大的难度，我推荐O'reilly的《Java Server Pages 》这本书来学习Web 编程。
EJB的书籍当中，《Enterprise Java Beans?, 2nd Edition》是一本很不错的书， EJB的学习门槛是比较高，入门很难，但是这本书完全降低了学习的难度，非凡重要的一点是，EJB的学习需要结合一种App Server的具体实现，所以在学习EJB的同时，必须同步的学习某种App Server，而这本书相关的出了三本书，分别是Weblogic6.1，Websphere4.0和JBoss3.0上面部署书中例子的实做。真是既有理论，又有实践。在学习EJB的同时，可以边看边做，EJB的学习会变得很轻松。
但是这本书也有一个问题，就是版本比较旧，主要讲EJB1.1规范和部分EJB2.0的规范。而Ed Roman写的《Mastering EJB 2.0》这本书完全是根据EJB2.0规范写的，深入浅出，覆盖了EJB编程的各个方面，并且还有很多编程经验tips，也是学习EJB非常推荐的书籍之一。
假如是结合Weblogic来学习J2EE的话，《J2EE应用与BEA Weblogic Server》绝对是首选读物，虽然是讲述的Weblogic6.0，仍然值得购买，这本书是BEA官方推荐的教材，作者也是BEA公司的工程师。现在中文版已经随处可见了。这本书结合Weblogic介绍了J2EE各个方面的技术在Weblogic平台上的开发和部署，实践指导意义非常强。
在把握了Java平台基础知识和J2EE方面的知识以后，更进一步的是学习如何运用OO的方法进行软件的设计，那么就一定要学习“设计模式”。Sun公司出版了一本《J2EE核心模式》，是每个开发Java企业平台软件的架构师必备的书籍。这本书全面的介绍了J2EE体系架构的各种设计模式，是设计师的必读书籍。
