DNS软件是黑客热衷攻击的目标，它可能带来安全问题。这里是一些保护DNS服务器最有效的方法。
1.使用DNS转发器
DNS转发器是为其他DNS服务器完成DNS查询的DNS服务器。使用DNS转发器的主要目的是减轻DNS处理的压力，把查询请求从DNS服务器转给转发器， 从DNS转发器潜在地更大DNS高速缓存中受益。
使用DNS转发器的另一个好处是它阻止了DNS服务器转发来自互联网DNS服务器的查询请求。假如你的DNS服务器保存了你内部的域DNS资源记录的话， 这一点就非常重要。不让内部DNS服务器进行递归查询并直接联系DNS服务器，而是让它使用转发器来处理未授权的请求。
2.使用只缓冲DNS服务器
只缓冲DNS服务器是针对为授权域名的。它被用做递归查询或者使用转发器。当只缓冲DNS服务器收到一个反馈，它把结果保存在高速缓存中，然后把 结果发送给向它提出DNS查询请求的系统。随着时间推移，只缓冲DNS服务器可以收集大量的DNS反馈，这能极大地缩短它提供DNS响应的时间。
把只缓冲DNS服务器作为转发器使用，在你的治理控制下，可以提高组织安全性。内部DNS服务器可以把只缓冲DNS服务器当作自己的转发器，只缓冲 DNS服务器代替你的内部DNS服务器完成递归查询。使用你自己的只缓冲DNS服务器作为转发器能够提高安全性，因为你不需要依靠你的ISP的DNS服务 器作为转发器，在你不能确认ISP的DNS服务器安全性的情况下，更是如此。
3.使用DNS广告者（DNS advertisers）
DNS广告者是一台负责解析域中查询的DNS服务器。例如，假如你的主机对于domain.com 和corp.com是公开可用的资源，你的公共DNS服务器就应该为 domain.com 和corp.com配置DNS区文件。
除DNS区文件宿主的其他DNS服务器之外的DNS广告者设置，是DNS广告者只回答其授权的域名的查询。这种DNS服务器不会对其他DNS服务器进行递归 查询。这让用户不能使用你的公共DNS服务器来解析其他域名。通过减少与运行一个公开DNS解析者相关的风险，包括缓存中毒，增加了安全。
4.使用DNS解析者
DNS解析者是一台可以完成递归查询的DNS服务器，它能够解析为授权的域名。例如，你可能在内部网络上有一台DNS服务器，授权内部网络域名 internalcorp.com的DNS服务器。当网络中的客户机使用这台DNS服务器去解析techrepublic.com时，这台DNS服务器通过向其他DNS服务器查询来执行递归 以获得答案。
DNS服务器和DNS解析者之间的区别是DNS解析者是仅仅针对解析互联网主机名。DNS解析者可以是未授权DNS域名的只缓存DNS服务器。你可以让DNS 解析者仅对内部用户使用，你也可以让它仅为外部用户服务，这样你就不用在没有办法控制的外部设立DNS服务器了，从而提高了安全性。当然，你也 可以让DNS解析者同时被内、外部用户使用。
5.保护DNS不受缓存污染
DNS缓存污染已经成了日益普遍的问题。绝大部分DNS服务器都能够将DNS查询结果在答复给发出请求的主机之前，就保存在高速缓存中。DNS高速缓存 能够极大地提高你组织内部的DNS查询性能。问题是假如你的DNS服务器的高速缓存中被大量假的DNS信息“污染”了的话，用户就有可能被送到恶意站点 而不是他们原先想要访问的网站。
绝大部分DNS服务器都能够通过配置阻止缓存污染。Windows Server 2003 DNS服务器默认的配置状态就能够防止缓存污染。假如你使用的是Windows 2000 DNS服务器，你可以配置它，打开DNS服务器的Properties对话框，然后点击“高级”表。选择“防止缓存污染”选项，然后重新启动DNS服务器。
