Berkeley DB所治理数据的逻辑组织单位是若干个独立的或有一定关系的数据库
（database），每个数据库由若干记录组成，这些记录全都被表示成（key，value）的形式，假如把一组相关的（key，value）对也看作一个表的话，那么每一个数据库只答应存放一个table，这一点不同于一般的关系数据库。实际上，在Berkeley DB中所提到的“数据库”，相当于一般关系数据库系统中的表；而“key/data”对相当于关系数据库系统中的行（rows）；Berkeley DB不提供关系数据库中列直接访问的功能，而是在“key/data”对中的data项中通过实际应用来封装字段（列）。
在物理组织上，每一个数据库在创建的时候可以由应用程序根据其数据特点来选择一种合适的存储结构。可供选择的四种文件存储结构分别是：哈希文件、B树、定长记录（队列）和变长记录（基于记录号的简单存储方式）。一个物理的文件中可以只存放一个单独的数据库，也可以存放若干相关或不相关的数据库，而且这些数据库可以分别采用除队列之外任意不同的组织方式，以队列组织的数据库只能单独存放于一个文件，不能同其他存储类型混合存放。一个文件除了受最大文件长度和存储空间的约束之外，理论上可以存储任意多个数据库。因此系统定位一个数据库通常需要两个参数——“文件名”和“数据库名”，这也是Berkeley DB不同于一般关系数据库的地方。
Berkeley DB存储系统为应用程序提供了一系列的接口函数，用于对数据库的治理和操作。其中包括：
（1）数据库的创建、打开、关闭、删除、重命名等，以及对数据的检索和增删改操作；
（2）提供一些附加的功能，例如读取数据库状态信息、读取所在文件的信息、读取所在数据库环境的信息、清空数据库的内容、数据库的同步备份、版本升级、提示出错信息等等；
（3）系统还提供了游标机制，用于存取和访问成组的数据，以及对两个或多个相关数据库进行关联和等值连接操作；
（4）系统还给出了一些接口函数用于对存取策略进行优化配置，比如应用程序可以自己设置B树的排序比较函数、每页中存放key的最少数目，哈希桶的填充因子、哈希函数、哈希表最大长度，队列的最大长度，数据库存放的字节顺序，底层存储页的大小，内存分配函数，高速缓存的大小，定长记录的大小和填充位，变长记录所用的分隔符等等。
