本文以Autodock4.0的安装为例：
（1）下载软件包ADT和Autodock4
ADT的下载地址：http://mgltools.scripps.edu/downloads
我下载的是：MGLTools-1.5.0-Linux-x86-Install
Autodock 4的下载地址：http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration
（2）先安装MGLTools
直接双击MGLTools-1.5.0-Linux-x86-Install 文件就开始安装，安装中会出现安装界面，一步一步往下做，很方便的，安装完后会出现AutoDockTools的界面. 并且在桌面会出现快捷方式。
然后将你的安装路径：/home/username/MGLTools-1.5.0/share/bin 添加到 .bashrc 文件中去
export PATH=export PATH="/home/yangcao/MGLTools-1.5.0/bin:"$PATH
在执行 source .bsharc 就OK了。
然后打开终端，输入 adt 并回车，就出现了AutoDockTools的界面。
注意：你把安装好了出现的界面关掉后，然后再次出双击左面快捷图标，是否会发现不了图形界面了，或者在终端输入adt也没有界面出现，并出现一大堆错误，不要慌，你只需在终端执行下面的语句就OK了。
chcon -t textrel_shlib_t /home/username/MGLTools-1.5.0/lib/python2.5/site-packages/PIL/_imaging.so
（3）Autodock的安装
将下载到的文件解压，得到i86Linux2文件夹，里面含有autogrid4和autodock4文件
只需把它们添加到/usr/bin中去就可以了
cp /home/download/i86Linux2/autogrid4 /usr/bin/autogrid4
cp /home/download/i86Linux2/autodock4 /usr/bin/autodock4
这样你就可以在终端运行了。当然不添加到/usr/bin中去也可以用，只是在终端用起来每次都要进入到该目录中去。