一套完整的过滤系统不仅可以除去水中悬浮物和多余的藻类，还可以通过滤材上的生化细菌分解掉水中所含对锦鲤鱼有害的物质，如：氨氮、亚硝酸盐等。因此，配备过滤系统是养好锦鲤鱼的重要一环。
锦鲤养殖用水质过滤分为物理过滤、化学过滤、生化过滤和植物过滤。
(1)物理过滤 是利用各种过滤材料或辅助剂将水中的尘埃、胶状物、悬浮物、树叶等除去，保持水的透明度。比较传统而简便的方法是用砂、石粒使水渗透，以除去肉眼可见的悬浮物。同时它具有物理过滤与生化过滤双重作用。
(2)化学过滤 是利用滤材将溶解于水中有害鱼类的各种离子化合物或臭气等，以吸收法除去的过滤方法。常用的滤材有活性炭、麦饭石、磷石，以及离子交换树脂等。
(3)生化过滤 就是利用附着于滤材上的生化细菌，将鱼的排出物(如粪尿)、残余饵料及所产生的含氮有机物或氨等加以氧化处理的方法。它是整个鱼池过滤系统中最重要的一环。常用的滤材有毛刷、纤维棉、生化丝及生化球等。在清洗或消毒过滤槽时，不要冲掉或杀死这些细菌。
(4)植物过滤利用水中植物吸收水中有害因子的方法。一般可利用的水中植物有浮萍、石菖蒲等，它们根系发达，除了有植物过滤的作用外，还能吸收水中铁离子及农药。
