根据2006年版《管理办法意见稿》的内容，对第三方支付公司的资本门槛、外资比例以及盈利要求都做出了明确规定。《管理办法意见稿》将资本门槛分为全国和省级两档，全国的最低限额为1亿元，省级则是3000万元;外资比例限制为不得超过25%。此外，《管理办法意见稿》还提出明确要求，公司每年的净资产率不得低于95%，这就意味着对第三方支付企业提出了盈利要求。
但是，来自研究机构的报告显示，目前国内第三方支付行业内，除环迅支付等个别企业外，绝大部分长期处于亏损状态。由于多数第三方支付企业所提供的服务缺乏差异性，导致各家企业为了占据更大的市场，不得不大打价格战，以零利润或副利润来争夺用户和交易量;另外，很多企业缺乏技术上的创新能力，无法满足持卡人日益增长的支付需求，这也是导致第三方支付企业普遍亏损的重要原因。
此外，《支付清算管理办法》中也将对安全体系、公司风险控制等因素作出严格要求。如果说资金和外资比例以及盈利门槛并未让身处集体亏损环境下的支付企业感到太多担忧的话，那么对安全体系和风险控制要求的提升，则被许多人看成是将引爆支付行业洗牌的导火索。
从目前来看，国内第三方支付行业还没有形成一个统一的安全保障体系和风险控制标准，各个第三方支付企业都采取参照国内外不同级别的标准的方式。环迅支付前不久前通过了保护银行卡数据与存储、处理和传输的国际最高安全标准PCI-DSS认证;遗憾的是，这也是国内唯一获此认证的支付系统，也就是说，其余50多家支付平台的信息安全标准都没能与国际接轨。这种各自为战的安全标准显然是支付卡信息保密的一大隐患。
《管理办法》树立一个统一的高级别标准，可谓国内支付行业发展到如今的必然趋势。可具体标准如何制定此时还没有公开的定论。有消息称届时可能会采用PCI-DSS的标准要求，如果是这样的话，对于大多数支付企业无疑是一个沉重的打击。业内人士分析，国内有希望通过此项认证的支付企业并不多，即便是那些有望通过的企业，也需要在现有基础上投入巨额的成本，对软硬件进行全面升级。在普遍亏损的背景下，《管理办法》既有盈利要求，又要增加成本投入，这无异于将支付企业置于一个进退两难的境地，大批支付企业可能会因为无缘“牌照”面临清洗。但从长远来看，中国电子支付在未来几年中将处于高速增长期，一部与之相配套的政策、法规的出台，是确保市场成熟的基础保证。虽然可能引发洗牌，但经过洗礼的市场势必更快进入一个成熟和稳定的阶段。
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