然而，美国宇航局面临的局面相当困难：既承担着帮助美国人实现太空梦想的重任，预算又在不断缩减；而人们似乎永远都在拿当年登月的壮举来评价它现在的成绩，所以，宇航局很容易成为批评的靶子。以下是美国宇航局的历史上出现的最明显的最难堪的失误。
1.火星观察者号探测器失踪
“火星观察者”号(mars observer)探测器这颗价值10亿美元的“火星观察者”号探测器是在1992年发射升空的，它的目的是研究这颗红色行星的地形和气候。它将是一系列“观察者”任务中的第一个任务。然而它最终却变成了一系列失败的火星任务中的第一个任务。在预计进入轨道头3天，控制中心和它的通信联系神秘并永久性中断。现在它可能正围绕火星运行，不过一些人怀疑它可能没有飞往火星，而是飞向太阳，正在围绕太阳运行。
2.英制单位惹祸
火星气候轨道器(Mars Climate Orbiter) 在“火星观察者”号神秘失踪6年后，火星气候轨道器也突然失去了联系。然而，这时的美国宇航局知道出了什么问题：美国洛克希德-马丁公司的转包合同工程师利用英国的计量单位，而不是美国宇航局最常用的公制。随后出现的航行问题，导致这个轨道器进入低高度轨道，最终被大气压撕碎。
3.火星极地登陆者号探测器坠毁
“火星极地登陆者”号探测器“火星极地登陆者”号探测器的最终既没有神秘的沉默，也没有愚蠢的计量单位错误。它从地球出发，经过1.42亿英里的长途飞行，到达火星表面上空40米的地方，这时，这颗探测器的电脑将一个常规震动错误地认为是降落迹象。因此中断了下降发动机的运转，导致这个探测器最终坠毁。关于这次坠毁事故，美国宇航局的历史学家史蒂文·迪克开玩笑说：“一个没经证实的说法是，火星的防空系统太棒了。”