此外，神舟七号飞船飞行全过程中，还考虑了185种故障模式的对策和预案，在上升段发生重大故障时，运载火箭的逃逸系统和飞船可将返回舱带离危险区；在轨飞行期间发生重大故障时，飞船可提前返回，最快可在4小时内返回地面。
马兴瑞称，出舱程序的设计是保障航天员完成行走的重要环节。之所以设计四个阶段的正常出舱程序，并设计七个关键事件点且都在地面测控范围以内，是由于舱外的环境比舱内环境要复杂得多，同时保证航天员能够顺利完成出舱程序。
除此之外，飞船总体系统还设计了4个应急处理程序和30个出舱故障预案，确保航天员的生命安全以及飞船安全返回。
■释疑
晚上发射意在白天出舱
此次神七飞天，航天员将进行30分钟的出舱作业。为保证航天员舱外行走在连续的测控波段范围内，同时还要在光照条件下以便于图像传输，研制人员特意将神舟七号飞船设计在晚上发射，航天员在白天出舱行走，飞船在白天返回。这样设计发射时间，可使航天员出舱时间在阳照区，航天员出舱进行太空行走的活动都会被观察得一清二楚；飞船白天返回，不仅便于对航天员的搜救，也便于飞船回收试验队及时对返回舱进行快速处置。