神舟七号飞船全长9.19米，3个舱段由前到后的安装次序是：轨道舱、返回舱和推进舱。
轨道舱：呈圆桶形状。为适应这次航天员空间出舱活动的任务需要，神舟七号载人飞船的轨道舱取消了“神六”飞船时的留轨功能，新增加了泄复压、舱外航天服支持、出舱活动通信、舱外活动照明及舱外摄像等功能，具备支持航天员出舱的气闸功能，并兼作航天员的工作和生活舱。
返回舱：载人飞船唯一返回地球的舱段。飞船起飞、上升到入轨及返回着陆时，航天员都在返回舱内。神舟七号的返回舱形状像钟，其舱门与轨道舱相连，航天员通过这个舱门，可以进入轨道舱。返回舱是飞船的指挥控制中心，舱内安装了航天员的坐椅。返回舱内还安装了飞行中需要航天员监视和操作的仪器设备，航天员通过这些仪表可以随时判断、了解飞船的工作情况，还可以在必要时人工干预飞船的系统和设备的工作。
推进舱：圆柱形。舱内安装推进系统发动机和推进剂，其使命是为飞船提供所需动力，飞船电源、环境控制和通信等系统的一部分设备也安装在这里。推进舱外部两侧也安装了两个太阳能电池翼，为飞船提供所需电能。
神舟七号飞船的轨道舱和返回舱都是密封的舱段，舱内与外界完全隔绝，内部安装的环境和生命保障系统，将为航天员提供一个与地球环境一样的舒适生活环境。另外，还安装了供着陆用的主、备两具降落伞。返回舱侧壁上开设了两个圆形窗口，一个用于航天员观察窗外的情景，另一个供航天员操作光学瞄准镜观察地面驾驶飞船。