黄连山国家级自然保护区位于县境中部，海拔2637米，距县城42公里，属哀牢山南延支脉，与老挝丰沙里自然保护区相连，是世界上生物多样性十分丰富的"绿色三角洲"之一。山中景色优美，形如流云、声似雷鸣的瀑布及山水交映、茫茫林海、云雾缭绕的一幅幅迷人的景观令人留连忘返。
云南黄连山国家级自然保护区地理坐标为东经102°05′26″～102°25′07″，北纬22°33′34″～22°59′20″之间，属森林生态系统类型自然保护区。保护区总面积65 058hm²，核心区面积26 744hm²，缓冲区面积21 444hm²，实验区面积16 870hm²。1983年经云南省人民政府批准成立保护区，2003年晋升为国家级自然保护区。
主要保护对象是南亚热带湿性季风常绿阔叶林生态系统。保护区有维管束植物2802种，隶属239科1099属，其中蕨类植物41科109属269种，裸子植物8科11属13种，被子植物190科979属2520种。保护区已知脊椎动物451种。其中哺乳类100种，隶属1目7科27属；鸟类199种2亚种，隶属13目36科；爬行类36种，隶属1目7科27属；两栖类38种，隶属2目7科13属；鱼类76种和亚种，隶属5目17科57属。保护区共有国家或省级重点保护植物152种，其中国家一级保护植物4种；国家二级保护植物124种，云南省省级保护植物24种。有国家级重点保护野生动物74种，其中国家一级保护动物15种，二级保护动物59种。
保护区拥有稀有活化石—谭清苏铁。谭清苏铁俗称绿春苏铁，是1995年发现的苏铁属植物新种，仅分布于中国云南省南部的绿春县小黑江流域及越南的黑水河流域。黄连山保护区是国内唯一分布区。集中分布面积达4 838hm²，种群数量约82万株，是目前国内数量最大的苏铁群落，呈斑块状分布，结构保存完整，年龄结构基本呈金字塔形，是一个稳定的植物群落，对苏铁属植物进行多方面研究有着重要的科研价值。
