水果碰伤易霉烂；夏天饭菜过夜会变馊；馒头时间长了会长霉；鱼、肉长期存放会发臭，这都是由微生物引起的。食物会由于微生物的生长繁殖使得营养遭到破坏而变味。人们若食用这样的食物是很危险的。
含有肠道球菌、粪链球菌的食品能引起人呕吐、腹泻和肚疼。肉、鱼、蛋类食品若带有沙门氏菌能引起伤寒、腹疼及发烧。微生物给食品带来的危险性，有的是因为致病菌随着食物侵入人体生长繁殖造成的，有的则是微生物能产生强烈的毒素。如葡萄球菌可分泌一种肠毒素，使人呕吐、腹疼。能引起人急性中毒的黄曲霉毒素就广泛地存在于粮食、油料、水果、蔬菜、肉类、乳类、酱和饲料中。对食物进行严格微生物学检查，是食品加工业必不可少的步骤。
不吃发霉、变味的食物，是防止食品中微生物危害人体的重要措施。