科学家们通过大量的研究表明，洞穴鱼类起源于生活在地面上而部分适应了洞穴环境的祖先。它们在无日光、无绿色植物及无种间竞争的情况下生存着。当地表的种类进入洞穴之后，眼睛成为无用武之地，随后逐渐退化缩小，直至完全消失，仅留下充满脂肪的眼窝。有些盲鱼如美国的盲鳉，幼鱼期仍有正常的眼睛，云南个旧的裸腹盲鲃至今在右眼仍残留有针眼大小的眼点，这都证明了盲鱼是由地表具有正常眼睛的鱼类演化而来的。同样由于没有光线的原因，用来防止强烈的太阳紫外线辐射对内脏损伤的色素消褪了，于是身体呈半透明状，内脏及骨骼也就隐约可见。
为了补救视觉的衰退，感触觉器官随之变得特别重要和发达。鱼类利用侧线系统感受外界环境的振荡波，使它在浑浊水质或黑暗的环境中，能够避开障碍、游泳自如。盲鱼除了在侧线的原有基础上得到加强外，其它的感觉器官也趋于特别发达，在鳉类，头上和身上的小突起，排列很有规则，在有眼的种类这种突起很不发达，而在全盲的种类中，可以发达到极点。这种突起在水中能感觉到自身的行动，因而能避开障碍物，并能探索到食物的所在地。有趣的是生活在洞穴中的有眼鱼类也很少靠视觉来觅食，倘把它们的眼睛移去，它们也能和有眼时一样，迅速探索到食物的所在地。
实验证明，这种鱼的味觉、嗅觉和听觉，与别的鱼类完全一样，而补救视觉的消失，只是侧线感觉的敏感度。在我国已发现的洞穴定居性的鱼类，均具有2或3对格外发达的触须，个旧盲条鳅的3对触须具有不同的感受器，且含有大量的味蕾和细胞突起，宜良的无眼金线鲃的头部具有特殊的感觉线。古巴盲鱼具有多而细的敏感须，美国的盲鰕虎则有很多皮膜感觉器。它们依赖这些特有构造，为在黑暗中进行探索食物，寻找伴侣和控制自身的行动，提供了有利的保障。洞穴鱼类性状的另一个变化是有鳞种类鳞片的缩小，稀疏呈散状分布，最后完全埋在皮下，这可能是由于洞穴鱼类的活动减弱，渐渐地被加厚的皮肤所覆盖。
总的来说，大凡习惯于无光处生活，并且适应于这种环境的鱼类，自从它们侵入洞穴后，它们的后代就越进越深，在黑暗的洞穴中生活，愈久愈特化。
洞穴鱼类的价值不能依据传统的食用或味美的尺度来衡量，更不存在资源量的经济价值。它作为生物与环境相适应的例子，是科学研究、学校直观教学和博物馆科普陈列中不可多得的珍品。通过对洞穴鱼类的演化过程的研究，有助于我们对物种形成的认识。在实践中，根据鱼类生命周期活动对水的依赖关系，洞穴鱼类有可能成为寻找地下水源，监测水质变化的指示生物，为促进农业生产和人类环境学的研究开辟一条新的途径。
