休眠是指生物处于一种相对静止状态，伴有代谢活动的明显降低。休眠分为两种类型，即冬眠和夏眠，但不包括动物的日周期的生理睡眠。休眠在多数情况下是季节性的，许多动物借越冬休眠以避严寒，在低纬度干旱区动物借夏眠度过酷暑。季节性的气候变化既影响生物的生理活动，又影响生物的食源，因此在长期进化过程中生物各自发展不同的适应方式，借休眠以抗御不利条件。季节性的休眠常受机体的内在节律控制，外界条件的变化只起促发作用。为增加体内的能量储备，鱼类和其它高等生物一样，入眠前常常需要较长的准备阶段。
由于水域中条件比较稳定，因此绝大多数鱼类缺乏典型的休眠状态，但在赤道区的沼泽内，常有数周或数月干涸，因而促使生活在这里的鱼类进入夏眠。不少迷器族鱼类如攀鲈、丝足鱼和乌鳢以及其它具有副呼吸器官的鱼类，在麻木状态下，埋在泥中过夏，到降雨后，池沼和河川充满水时，它们再度恢复正常的生活，肺鱼类为了要在枯水期内避免死亡，而有着更为复杂的夏眠方法。被称为泥鱼的非洲肺鱼，它们所栖息的小河每年有相当长一段时间干涸，完全没有水，由于热带的太阳很厉害，酷热烤得河底的泥巴干得非常坚硬。
在旱季临近之前，每一尾鱼都会钻入泥中，由皮肤分泌大量的粘液，和泥混合在一起，形成一个坚硬的泥壳，鱼包在泥壳中睡眠，一直到下次降雨时才复苏。在泥壳的内部有一条小路和外界相通，肺鱼在壳内休眠期间，全靠这条通路来呼吸空气。肺鱼在泥壳中，即使被人掘出来，只要不剥开泥壳，放置半年时间，肺鱼仍然安全无恙。如果把泥壳投入微温的水中，待泥溶去后，鱼在数分钟内就苏醒并活泼地游泳。南美肺鱼夏眠时也在泥中造成与非洲肺鱼相似的洞穴，所不同之处是南美肺鱼与外界相同赖于一个多孔的泥盖封闭着。生活在多瑙河沿岸水域里的泥鳅，到了夏天河水干枯时，它就钻进泥浆里不吃不喝，进入夏眠状态，只靠它那特殊的肠子来呼吸空气，维持生命。在南非有一种奇特的树鱼，到了夏天，它就爬到树上的阴凉处，睡上两个多月，以度过酷暑之日。
