水稻是最重要的粮食作物之一，全世界一半以上的人口以水稻为主食。“民以食为天”、“贵五谷而贱金玉”，我国这些充满哲理的古老格言，可以作为说明水稻基因组计划意义的首选注解。1997年9月，水稻基因组测序国际联盟在新加坡举行的植物分子学大会期间成立。1998年2月，中、日、美、英、韩五国代表制定了“国际水稻基因组测序计划”，预计到2008年完成目标。这是继“人类基因组计划”后的又一重大国际合作的基因组研究项目。
为充分开发利用超级杂交稻这一宝贵的国家资源，继续保持我国在杂交水稻育种领域的国际领先地位，由中国科学院基因组信息学中心暨北京华大基因研究中心发起，中科院遗传与发育研究所和国家杂交水稻工程技术研究中心合作参加的“中国超级杂交水稻基因组计划”于2000年5月11日正式启动，宣布将用“霰弹法”测定籼稻基因组序列。中国科学家成功研制出霰弹法基因组组装的计算机软件体系，加上中科院计算所国家智能计算机研究开发中心研制的“曙光3000”和国家并行计算机工程技术研究中心研制的“神威”这两种高性能的国产计算机，共同为我国水稻基因组的测序工作迅速完成奠定了强有力的基础。