天然免疫是人类在长期的种系发育和进化过程中，逐渐建立起来的防御病原体的一系列功能。其特点是人人生来就有，并能遗传给下一代，而且不同种的生物免疫系统有差异。例如人不会得鸡霍乱也不会被犬瘟病毒感染；同样，动物不会患麻疹。天然免疫与人体的组织结构和生理功能有密切联系。
皮肤与粘膜
人体与外界环境接触的表面，覆盖着一层完整的皮肤和粘膜。皮肤由多层扁平细胞组成，能阻挡病原体的穿越，只有当皮肤损伤时，病原体才能侵入。粘膜仅有单层柱状细胞，机械性阻挡作用不如皮肤，但粘膜有多种附件和分泌液。例如呼吸道粘膜上皮细胞的纤毛运动、口腔唾液的吞咽和肠蠕动等，可将停留在粘膜表面的病原体驱赶出体外。当宿主受寒冷空气或有害气体等刺激，上呼吸道粘膜屏障受损伤时，就易患气管炎、支气管炎和肺炎等。
皮肤和粘膜能分泌多种杀菌灭毒物质。例如皮肤的汗腺能分泌乳酸使汗液呈酸性（pH5.2-5.8），不利于细菌生长。皮脂腺分泌的脂肪酸，有杀细菌和真菌作用。不同部位的粘膜腺体能分泌溶菌酶、胃酸、蛋白酶等各种杀菌物质。
人体的正常菌群也有拮抗病原体的作用。例如口腔中的唾液链球菌产生的过氧化氢能杀死脑膜炎奈瑟氏菌、金黄色葡萄球菌、白假丝酵母菌等；咽喉部的甲型链球菌能抑制肺炎链球菌生长等。
血脑屏障
血脑屏障不是一个特殊的解剖学上专有的结构，一般认为由软脑膜、脉络丝、脑血管和星状胶质细胞等组成。它的功能是阻挡病原体及其毒性产物从血流进入脑组织或脑脊液，以保护中枢神经系统。婴幼儿的血脑屏障发育不够完善，所以容易发生脑膜炎、脑炎等疾患。
胎盘屏障
由母体子宫内膜的基蜕膜和胎儿绒毛膜组成。正常情况下，母体感染的病原体及其毒性产物难于通过胎盘屏障进入胎儿体内。但若在妊娠3个月内，此时胎盘结构发育尚不完善，则母体中的病原体等有可能经胎盘侵犯胎儿，干扰其正常发育，造成畸形甚至死亡。药物也和病原体一样有可能通过母体侵犯胎儿。因此，在怀孕期间，尤其是早期，应尽量防止发生感染，并尽可能不用或少用副作用较大的各类药物。
