为了预防真菌毒素与植物性食品一同被摄入体内，必须采取下列预防措施：1）尽可能生产低度污染的原材料（粮食、水果、坚果类、调味品）。要做到这一点，有效的方法是防止在田间的污染和贮藏期内的防潮，可以使用具有抗霉特性的作物品种，利用早熟的作物品种轮作，注意灌溉，正确的施肥，适时的收割，避免将作物留在田间过冬，避免作物被鸟类、昆虫及机械损害等。
最近有试验表明，如果把一些无害的真菌孢子散发在田间，使其繁殖，结果发现黄曲霉毒素在玉米的污染明显降低。但是这还要用系统的大规模的反复试验来验证。科学家们想从控制霉菌的产毒基因上着手，希望能找出控制霉菌的基因，诸如抑制基因，然后加强其抑制作用；或者找出形成毒素的基因，然后除去此基因或用抗体的手段等使新生成的菌不产毒。这些研究已有一些完满的结果。诸如：展青霉、黄曲霉毒素B1及单端烯族化合。
收获后的清理和及时干燥至10％-13％水分以下，有时也可以加防霉剂。在贮藏时除保持干燥，还要保持仓库清洁、预防老鼠的污染及通风良好。
2）将霉变的产品退货或剔除，如在花生包装或加工前除了先分出破损的花生，再在荧光灯下拣去有色素的籽粒。
3）采用减少含菌量的措施。要想完全除去粮食及饲料的霉菌毒素是不可能的，因此，唯一的方法是人类与动物避免摄人污染的粮食及饲料。严格检查粮食中的毒素是关键的一步，为此开发了许多种灵敏有效的检测方法。在这方面，不仅需要政府制定一些毒素的限量，而且需要食品及饲料工业作广泛的自动管制，采用相应的技术手段使已含有的真菌毒素灭活。
4）用灭菌法杀灭中间产品或成品中的霉菌。
5）用恰当的分装和包装技术避免二次感染。
6）通过采用冷藏、冷冻、加防腐剂、降低水份等措施抑制未灭菌食品中真菌的生长。
为了预防动物性食品（肉、肉制品、牛奶和奶制品等）被污染，首先必须注意用不含真菌毒素的饲料饲养动物，生产那些必须用霉菌进行发酵催熟的肉制品时，必须注意选用不产生真菌毒素的菌种。在饲料中添加吸附剂而阻止霉菌毒素污染，在饲料中可阻止或降低黄曲霉、T—2、DON等毒素在动物体内的吸收。
