细菌是单细胞生物，也就是说，一个细胞就是一个个体。细菌的基本形态有三种：球状、杆状和螺旋状，分别被称为球菌、杆菌和螺旋菌。球菌
球菌大小以直径表示，多为0.5-1.0微米。根据分裂后细胞排列方式的不同进行分类。细胞分裂后，新个体分散而单独存在，是单球菌，如尿素微球菌（Micrococcus ureae）。两个细胞成对排列，是双球菌，如肺炎双球菌（Diplococcus pneumoniae）。经两次分裂形成的四个细胞联在一起呈田字形，是四联球菌，如四联微球菌（Micrococcus tetragenus）。多个细胞排成链状，是链球菌，如乳链球菌（Streptococcus lactis）。细胞沿着三个互相垂直的方向进行分裂，分裂后的8个细胞叠在一起呈魔方状，是八叠球菌，如尿素八叠球菌（Sarcina ureae）。细胞无定向分裂，形成的新个体排列成葡萄串状，是葡萄球菌，如金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）。
杆菌
杆菌的大小以宽度×长度表示，一般为0.2-1.25×0.5-5.0微米。分为单杆菌、双杆菌、链杆菌等。菌体两端形态各异，如钝圆、平截或略尖等。各种杆菌的长度与直径比例差异很大，有的粗短，有的细长。杆菌是细菌中种类最多的，如大肠杆菌（Escherichia coli）、枯草芽孢杆菌（Bacillus subtlis）等。
螺旋菌
螺旋菌大小一般为0.3-1.0×1.0-50微米，根据细胞弯曲程度和螺旋数目分为两种。若菌体弯曲不足一圈，似逗号形，称为弧菌，如霍乱弧菌（Vibrio cholerae）；菌体回转如螺旋状，则称为螺菌，如减少螺菌（Spirillum minus）。
除此之外，还有一些特殊形态的细菌，如长有附属丝的红微菌，丝状的亮发菌等。