根据临床观察，非淋感染久治不愈的原因大致有以下几点：
（ 1 ）第一次的治疗不彻底，只是感觉症状消失了，没有作相关检查就误认为痊愈而停止用药，其实病原体并没有被完全杀死。建议非淋感染用药治疗不应该少于两周，治疗结束后应该做相关检查以确定完全治愈。
（ 2 ）衣、支原体一旦上行感染到前列腺，症状表现呈慢性化过程，很多患者治疗心切，频繁交替使用大量高效抗生素，结果导致耐药性的产生，或出菌群紊乱甚至导致霉菌二重感染，症状因此加重。
（ 3 ）女性患本病后因症状不明显不易被发现，因此在治疗时没有同时治疗，一方治疗痊愈后，由于密切接触而重复交叉感染。
（ 4 ）用药量不足或时间不够，不能达到有效治疗，反而使病菌产生耐药。
（ 5 ）在治疗过程中没有注意饮食禁忌。大量的烟酒、辛辣等饮食刺激性导致炎症复发或缠绵难愈，因此在治疗过程中应不饮酒，少吃或不吃辛辣刺激食物。