(一)微生物污染仍是影响我国食品卫生和安全的最主要因素。微生物性食物中毒导致的中毒人数最多，2003年和2004年全国报告的重大食物中毒事故中，微生物性重大食物中毒起数和人数均有增加，分别占当年总起数和总人数的26%、43.8%和34%、58.1%。我国食品污染物监测网数据也显示，沙门氏菌、肠出血性大肠杆菌、单核细胞增生李斯特氏菌3种常见食源性致病菌检测阳性率逐年上升。
(二)从农田到餐桌食物链污染情况严重。一是源头污染(种植、养殖过程)问题较严重，主要为农药、兽药(抗生素、激素)和禁止使用的饲料添加剂的滥用和残留，如瘦肉精残留问题。二是环境污染物给食品卫生带来影响，重金属污染和水污染日趋严重，环境中的污染物通过食物链进入人体很容易导致健康损害，如二恶英问题。
(三)食品企业违法生产、加工食品现象不容忽视。一方面，少数不法分子违法使用食品添加剂和非食品原料生产加工食品，掺假制假，影响恶劣，像阜阳奶粉事件、“苏丹红”事件等。另一方面，我国现有食品行业整体素质仍处于较低水平，卫生保证能力差的手工及家庭加工方式在食品加工中占相当大的比例，有的从业人员甚至未经健康体检，农村和城乡结合部无证无照生产加工食品行为屡禁不止，给食品安全造成重大隐患。
(四)食品新技术新资源的应用带来新的食品安全隐患。随着食品工业的迅速发展，大量食品新资源、食品添加剂新品种、新型包装材料、新工艺以及现代生物技术、酶制剂等新技术不断出现，造成直接应用于食品及间接与食品接触的化学物质日益增多，已经成为亟待重视和研究的问题。
(五)食品安全研究发现的新问题。随着食品安全科技的发展，传统加工工艺的食品也不断被发现具有安全隐患，如油炸淀粉类食品的丙烯酰胺、油条中的铝残留等安全性问题，一定程度上影响了消费者的信心。
