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一般认为妊娠期无特殊情况，超声检查约3次。第一次在早孕期，可较准确地估计胎龄，判断是单胎还是多胎，明确有无合并子宫畸形等。第二次超声检查在孕20至24周，主要用于筛查胎儿畸形。因为此时胎儿各个脏器已发育齐全，仔细的B超检查可看到重要的脏器有无异常，早期发现胎儿是否畸形。第三次超声检查可在临产前，用于评估胎儿的生长发育，了解胎盘的位置及羊水量的多少。但如果在妊娠期发现有异常的情况，如怀疑胎儿畸形、胎儿发育过大或过小、羊水过多或过少、胎盘有异常、妊娠过期等，都需随时做B超检查。 孕中期特别是20-28周是产前超声诊断胎儿畸形的最佳时期，对无脑畸形的超声诊断率几乎100%。但多数孕妇由于种种原因没能进行常规超声检查，首次B超时间太晚使得一些畸形胎儿在较大月份才发现，给孕妇的身心健康造成极大影响。有的孕妇早孕期超声检查正常，便不再定期进行超声监测，结果不能及时诊断胎儿畸形。还有一些孕妇甚至医生认为B超做多了会影响胎儿发育，其实这是对超声检查的误解。一般早孕做超声检查所花的时间是很短的，孕中晚期后做B超则基本没有影响。
超声检查是一种无创性检查,仪器具有一定的局限性。胎儿超声检查是一种间接的方法,不能直接检查胎儿。胎儿超声检查受胎儿胎龄、胎儿姿势、羊水、胎儿活动等多种因素影响，许多器官与部位超声无法显示或显示不清。尽管超声能发现胎儿畸形，但不能检出所有的胎儿畸形：即诊断符合率不可能达到100%。
彩超是彩色多普勒超声诊断仪，目前用于医学诊断的超声都是低强度的，至今未有超声检查引起胎儿畸形的报道。
