Windows 98 的启动方式是由根目录下的一个系统文件MSDOS.SYS来决定的，使用者可以通过修改这个文件来获得自己需要的启动方式。
不过在修改这个文件之前要去掉它的系统、隐藏及只读属性才能进行修改。打开"我的电脑"，选择菜单栏的"查看"-"文件夹选项"，单击"查看DOUBL
E_QUOTATION标签，选择"显示所有文件"，然后单击"开始"-"查找"-"文件或文件夹"，在"名称"栏内输入MSDOS.SYS，单击"开始查找"，找到后，右键单击该文件，选择"属性"，去掉其所有属性，用记事本打开，我们就可以查看、修改其中的内容了。
这个文件由几部分组成：
1.Windows 98 启动路径
这一部分的内容一般如下：
[Paths]
WinDir=C:WINDOWS
WinBootDir=C:WINDOWS
HostWinBootDrv=C
其中WinDir是Windows 98 所在路径，WinBootDir是Windows 98 启动的路径，HostWinBootDrv是指主机的启动盘符。
2.启动选项
这一部分由[Options]为开头。其中可以使用的选项有：
BootDelay Windows 98启动显示Starting Windows 98的时间长度，以秒为单位
BootFailSafe 当这一项为1时，使Windows 98安全模式无效
BootGui 当BootGui为1时自动启动Windows 98，进入图形用户界面（GUI），为0时不自动进入GUI，而进入DOS状态，需要输入win 进入Windows 98 图形用户界面
BootKeys 当这一项为0时，启动功能键无效，也就是使F4，F5，F8 这些功能键无效
BootMenu BootMenu为1时显示启动菜单，这项为空或为0不显示启动菜单
BootmenuDefault 指定Windows 98 启动菜单中的默认项目
BootMenuDelay 设置启动时停留在启动菜单的时间，默认值是30秒
BootMulti 当BootMulti 为1时允许多重启动，否则禁止
BootWin 当BootWin=1时进入Windows 98，否则进入旧版本的MS-DOS状态
Logo 当Logo=0时不显示启动时的Windows 98 标志
DoubleBuffer 当DoubleBuffer=1时使用双重磁盘缓冲
AutoScan 当AutoScan=1时，若发生不正常关机，则下次启动时自动扫描磁盘。当AutoScan=0时则不扫描。建议使AutoScan=1
WinVer WinVer后是Windows 98的版本号
DRVSpace 当DRVSpace=1时，在启动时载入DRVSPACE.BIN，以便支持压缩磁盘
LoadTop 当LoadTop=1时，Windows 98将Command.com、DRVSPACE.BIN驻留在UMB，否则驻留在常规内存中
使用以上的这些选项，可以把Windows 98的启动过程设置到你所需要的情况。以下举几个例子，比如说你想Windows 98启动时自动进入DOS状态，那么可以这样设置：
[Options]
BootGui=0
BootMenu=0
又假如想在启动时自动进入旧版本的DOS(这当然得需要你的硬盘根目录又旧版本的DOS系统文件：IO.DOS、MSDOS.DOS和Command.DOS)。那么就这样写：
[Options]
BootGui=0
BootMenu=0
BootWin=0
如果想要启动时必须进入Windows 98 图形界面，而不能进入DOS状态或者旧版本的DOS，那么可以这样写：
[Options]
BootGui=1
BootWin=1
BootMulti=0
BootKeys=0
BootMenu=0
当在MSDOS.SYS中的Options 中不把BootKeys项设为0，那么就可以使用Windows 98 的启动功能键来选择启动方式。
这些功能键都在启动时出现Starting Windows 98 提示文字之后生效，按下F4键则直接进入旧版本的DOS，按下F5键则进入Windows 98 的安全模式，按下F6键则进入带网络支持的"网络安全模式"，按下F8键则显示启动菜单，可以从菜单中选择启动方式。其它还有按 Shift+F5键，直接进入Windows 98 的命令行状态，按Shift+F8键则在启动过程的每一步都提示用户，让用户决定启动过程执行的每个步骤。
效果怎样，是不是很有成就感呀？正确设置MSDOS.SYS可以优化你的操作系统，缩短启动时间(比如把Logo设为0)；
（出处：热点网络）