4、让硬盘使用FAT32
在分区时即指定让硬盘使用FAT32或者用一些转换程序将硬盘由FAT16转为FAT32，这样不但可以通过更高效地存储数据以节省磁盘空间（大约10%-15%），而且还可以改善磁盘的性能，在使用较少的系统资源的情况下使程序运行加快50%。
实现方法：在Windows 98中，单击“开始-程序-附件-系统工具-驱动器转换器（FAT32）”，然后按操作说明一步步进行即可。
5、让硬盘和光驱始终使用32位的工作模式
由于某些原因（如病毒感染或加载了某些实模式驱动程序等）会使Windows 98的硬盘和光驱工作在MS-DOS兼容模式下，以致严重影响了两者的读写速度，此时就要设法恢复它们的32位工作模式。
实现方法：首先删除Config.sys文件中的实模式驱动程序，然后在“控制面板”中单击“系统-性能-文件系统-疑难解答”，并检查一下是否选取了“禁用32位保护模式的磁盘驱动程序”复选框，如果已经选取，取消它即可恢复32位工作模式；如果没有选取，则说明系统中的32位磁盘驱动程序已经丢失或出现故障。
解决办法是： 在“控制面板”中单击“系统-设备管理器-系统设备-即插即用BIOS”，选取“删除”按钮，并选择重新启动计算机，然后系统将自动运行“添加新硬件向导”，并重新为检测到硬件配备驱动程序，包括硬盘、软驱和光驱，从而可以恢复磁盘的32位工作模式，但在这过程中要注意：为新硬件安装驱动程序时需要Windows 98的安装光盘，但此时光驱却不可用（系统不能自动支持），这就要求你要么先配置好Config.sys和Autoexec.bat文件（在其中加入光驱的驱动程序），要么先把系统安装光盘上的文件拷贝到硬盘上。
6、定期整理硬盘上的文件碎片
硬盘是系统中使用最频繁的部件之一，大量的文件操作（新建、复制、删除等）将使文件存储不连续，导致读文件时间越来越长，此时就需要使用Windows 98提供的“磁盘碎片整理程序”进行整理了，它不但可以重新整理硬盘上文件和未使用的空间，以加速文件的读取和程序的运行，更可以监控各种软件加载的频度，并据此将最常用的应用程序放到存取最快的磁盘位置，以尽可能减少硬盘寻道所用的时间，从而使程序取得最快的装入速度。
四、优化文件系统
1、优化文件系统
通过更改文件系统设置，可以显著改善系统性能。
实现方法：在“控制面板”中，单击“系统-性能-文件系统…”，在“硬盘”标签中，将“计算机的主要用途”改为“网络服务器”，“预读式优化”调到“全部”；在“软盘”标签中，将“每次启动计算机时都搜寻新的软盘驱动器”取消（因为默认情况下，软盘驱动程序在每次启动Windows 98时都要扫描新设备，而通过禁止系统启动时检查软驱，让软盘驱动程序仍然使用先前的设置，则可以使系统启动速度更快）；在“CD-ROM”标签中，将“追加的高速缓存”调至最大，“最佳的访问方式”选“四倍速或更高速”；在“可移动式磁盘”标签中，选取“启动所有可移动型磁盘驱动器上的后与高速缓存”。
2、让文件系统也使用Cache
系统在读写文件时要访问文件分配表，而文件系统Cache则可以把刚访问过的文件的路经和文件名存入内存，以加快下一次的访问速度。
设置方法：在注册表的HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\FSTemlates位置下有三个名为“Desktop”、“Mobile”、“Server”的主键，分别对应上述“文件系统属性”对话框中“台式机”、“便携或接驳式系统”、“网络服务器”三个选项。如果使用的是台式机就可对“Desktop”中的字符串“NameCache”、“PathCache”进行修改；MameCache=“80 00 00 00”（可缓冲128个文件夹）、PathCache=“00 10 00 00”（可缓冲4096个8.3格式的文件名，约使用48KB常规内存）。
实现方法：在“控制面板”中，单击“系统-性能-虚拟内存-用户自己指定虚拟内存设置”，然后根据自己机器的实际情况来选择硬盘并设置虚拟内存的最大值和最小值。
五、不要使用一些华而不实的功能
1、禁止使用活动桌面
IE的活动桌面（Active Desktop）功能虽然可以显示Web组件，但对CPU处理速度的影响也最为明显，而且研究也表明：活动桌面是Windows 98性能下降的主要根源，因此通过禁止使用活动桌面功能可以显著提高系统反应速度。
实现方法：用鼠标右击桌面，选“属性”单击Web标签，将其中的“按Web页方式查看活动桌面”和“IE频道栏”的选项全部取消，或者干脆通过修改注册表来完全禁止活动桌面功能：运行Regedit，进入到HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer，添加键值“NoActiveDesktop=hex：01，00，00，00”。
2、关闭桌面主题
桌面主题一般都要占用大量的系统资源，开启它后会显著降低系统性能，同时也不要设置墙纸（尤其是“拉伸”显示模式），因为墙纸也会占用大量的内存，增加系统启动时调图的时间。
3、关闭动画显示菜单窗口和列表
系统中默认的窗口最小化和菜单的显示，都不是一下子就完成的，而是有时间间隔的慢慢滑出来，好像动画一样，通过关闭该功能可改善系统的性能。
实现方法：运行Regedit，进入HKEY_CURRENT_USER\Control Panel\Desktop\WindowsMetrics，找到“MinAnimate”项并将值由1改为0，或者用鼠标右键单击桌面空白处，选择“属性-效果”，然后将“动画显示窗口菜单和列表”取消即可。
4、禁止所略图显示图标文件
有的朋友喜欢在资源管理器中以缩略图的形式显示图标文件，这虽然方便了对图标文件 的操作和管理，但也加大了系统的开销，通过禁止该功能可以提高系统的反应速度。
实现方法：在“控制面板”中，双击“字体”图标可以观察到系统中安装了哪些字体，然后对冗余的字体进行转移或删除即可。
六、清理并精简注册表
经过多次的安装、卸载应用程序和设备驱动程序后，在注册表中就会留下许多无用的数据项和注册信息，由于注册表对Windows 98系统的影响是决定性的，即使其完全没有错误也会因无用数据太多而严重影响系统的启动速度和运行速度，这时就需要通过清理注册表来改善系统的性能。
实现方法：由于人工修改注册表比较麻烦，也容易出错，因此可以使用专用的注册表清理工具如RegClean或Norton Registry Editor等。
